slurm

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如何設置每個用戶的cpu限制使用maxTRESperuser qos for slurm

我只是將qos參數MaxTRESperuser設置爲cpu = 10用於測試目的，但slurm正在調度作業。我用： sacctmgr modify qos normal maxtresperuser=cpu=1 ，我們可以查看 sacctmgr節目的QoS Name Priority GraceTime Preempt PreemptMode Flags UsageThres

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如何使用Slurm訪問集羣中不同節點上的GPU？

我有權訪問由Slurm運行的集羣，其中每個節點都有4個GPU。我有一個代碼需要8 gpus。所以問題是我該如何請求每個節點只有4個gpus的集羣上的8個gpus？所以這是我試圖通過sbatch提交作業： #!/bin/bash #SBATCH --gres=gpu:8 #SBATCH --nodes=2 #SBATCH --mem=16000M #SBATCH --

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SLURM無法識別序言腳本中的命令

我在SLURM prolog腳本中運行如下命令： ifconfig，sminfo，但是這些命令未執行並返回錯誤：未找到命令並且如果檢查輸出文本時爲空輸出文件。如果我嘗試命令如：ls，hostname;他們工作得很好。我試着手動執行腳本，它的工作和命令：sminfo，ifconfig運行良好。什麼問題？我的腳本： #!/bin/bash echo "==Pre job==:" work_

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訪問slurm停止工作的原因

有沒有辦法找出工作被slurm取消的原因？我想區分資源限制因所有其他原因而受到影響的情況（如手動取消）。如果遇到資源限制，我也想知道哪一個。

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Slurm srun - 行爲

我們試圖在我們的uni實驗室中使用slurm，但我們無法完全理解slurmUser的行爲。例如：如果我跑SRUN，而我登錄的用戶「acnazarejr」（srun -n1 id -a），那麼我希望是這樣的： uid=80000001637(acnazarejr) gid=80000000253(domain user) groups=80000000253(domain user),1001(

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將腳本從PBS更改爲SLURM

我剛從PBS切換到SLURM。原本我的腳本讀作：嘗試將我的腳本從PBS更改爲SLURM。之前看起來是這樣： qsub -N $JK -e $LOGDIR/JK_MASTER.error -o $LOGDIR/JK_MASTER.log -v Z="$ZBIN",NBINS="$nbins",MIN="$Theta_min" submit_MASTER_analysis.sh 現在需要的是

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SLURM中兩個作業陣列之間的一對一依賴關係

服務器剛從CONDOR切換到SLURM，因此我正在學習並嘗試將提交腳本轉換爲SLURM。我的問題是以下，我有兩個作業陣列。第二個依賴於第一個。從目前來看，我像下面 events1=$(sbatch --job-name=events --array=1-3 --output=z-events-%a.stdout myfirst.sh) jobid_events1=`echo ${events1

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獲得的節點數量，代碼和可用RAM調諧

我想調整我的HPC集羣（我用Sparklyr），我試圖通過http://blog.cloudera.com/blog/2015/03/how-to-tune-your-apache-spark-jobs-part-2/收集指定的一些重要規格數量：要希望可以讓所有這些更具體一些，下面是配置Spark應用程序以使用盡可能多的集羣作爲的示例：想象一下，具有六個節點的羣集運行NodeManagers，

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如何將大量樣本並行地加入到linux中？

我想在大量的樣本上運行以下命令。 java -jar GenomeAnalysisTK.jar \ -R scaffs_HAPSgracilaria92_50REF.fasta \ -T HaplotypeCaller \ -I assembled_reads/{sample_name}.sorted.bam \ --emitRefCon

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slurm - 節點之間共享的I/O？那可能嗎？

我正在使用NGS數據，最新的測試文件非常龐大。通常我們的管道只使用一個節點，不同工具的輸出是./scratch文件夾。僅使用一個節點對於當前海量數據集是不可能的。這就是爲什麼我想使用至少2個節點來解決問題，如速度，並不是所有的作業都提交等。使用多個節點或甚至多個分區很容易 - 我知道如何使用哪個參數步。所以我的問題是不是錯過參數，但背後SLURM的邏輯來解決以下問題有關I/O：可以說我有