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    for循環系統發育樹

    我使用的系統發育軟件稱爲RAxML和我wnat爲每個phylip文件構建單樹。對於有三個PHYLIP文件的目錄，我做了以下 ##files in directory Ortho1.phy Ortho6.Phy Ortho6.Phy for f in /home/Single_trees/trimmed_alignment/*.phy; do raxmlHPC -f a -x 100 -m P
    for-loop multiprocessing slurm 2017-02-17

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    如何獲取SLURM中單個進程/線程的統計信息？

    如何監視每個正在運行的線程/進程？基本上，我希望看到類似於由top，或ps給出的輸出：如每個線程的CPU使用率，由進程的內存使用，等等。 在SLURM，有命令sstat，其中我可以查看工作統計。例如，它允許我檢查提交的作業請求的總CPU時間（用戶+系統），RSS以及CPU頻率。它不包括詳細的每個進程（或線程）信息。
    performance monitoring hpc slurm 2016-11-25

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    SLURM和python，分配節點，但代碼只能在一個節點上運行

    我有一個4 * 64的CPU集羣。我安裝了SLURM，它似乎在工作，好像我打電話給sbatch，我得到了正確的分配和隊列。但是，如果我使用超過64個核心（基本上超過1個節點），它完全分配正確數量的節點，但如果我將ssh分配到節點中，我只能看到其中一個節點中的實際工作。其餘的只是坐在那裏無所事事。 我的代碼很複雜，它使用multiprocessing。我打電話給300名工人，所以我想這不應該成爲問題
    python python-3.x slurm 2016-11-30

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    在slurm上設置QOS相關搶佔

    我正在使用應該設置爲允許基於QOS搶佔的SLURM集羣，但我不確定它是否正確完成。說這樣做是正確的，我們想要搶佔另一個QOS的每個QOS都必須明確列出它可以搶佔的那些QOS？換句話說，如果我運行$ sacctmgr list qos format==name,priority,preempt而「搶佔」列是空的，那麼我們實際上做的不是已經啓用了基於QOS的搶佔，不管事實如何，PreemptType
    slurm 2016-11-30

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    轉換SLURM會計輸出

    我正在尋找一種方式來獲得所經過的時間輸出始終包括天，此刻我不能看到遠在限定輸出格式，所以我期待在使用切割時，awk， sed或類似命令在輸出生成後執行此操作。 所以任何想法如何，我可以改變輸出，如： JobID|Partition|User|State|Elapsed| 902464|interactive-a|bob|COMPLETED|10-00:10:40 968491|interact
    bash awk sed slurm 2017-01-23

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    SLURM Zombiejob清理了MULTIPROG使用

    我面臨着以下問題： 我的模塊需要管理一個SLURM給予羣集上的一些工作。整批使用--multiprog啓動。 其中之一使用rabbitMQ連接，並可悲地不能完成優雅（不是我的決定）。結果，這個子工作會在整個批次被slurm關閉時留下一個「殭屍」工作。更糟的是，它發送一個保持rabbitMQ連接的心跳，等等。 實質上，我需要在每一份工作之後進行殭屍追捕。我試圖用一個簡單的epilog（killall
    slurm 2017-01-25

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    HPC工作的研究和硬件利用率報告

    我在努力尋找有關的一般HPC集羣的平均硬件利用率的全面報告。 Google或Facebook提供了各種數據集，以瞭解他們的雲硬件利用情況，但是有沒有類似的報告/數據集供我從HPC中心引用或查看。 我的重點是看他們是否通過粗糧資源管理器一樣SLURM，或扭矩運行尾如何動態的，長期的工作會受到影響。我知道這兩個資源管理器都支持細粒度執行，但它們不提供像Mesos或Yarn這樣的資源管理器的全面API。
    cloud mesos hpc slurm 2016-12-08

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    SLURM中的狀態「CG」是什麼意思？

    在SLURM集羣上，可以使用squeue來獲取有關係統上作業的信息。我知道「R」意思是r unning;和「PD」意思是p en d ing，但什麼是「CG」？ 我知道這是從經驗中「取消」或「失敗」，但是當成功工作時「CG」適用c失去了嗎？什麼是G？
    jobs slurm 2017-02-03

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    SLURM squeue格式參數在子進程中失敗.Popen

    我試圖從python腳本調用SLURM squeue。該命令， /usr/bin/squeue --Format=username,jobid,name,timeleft 命令行 工作正常，但是從subprocess.Popen失敗： p = subprocess.Popen(command, stdout=subprocess.PIPE, stderr=subprocess.PIPE)
    python command-line subprocess jobs slurm 2016-12-19

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    擴大列以在Slurm中查看完整作業名稱

    是否可以擴大SLURM中命令sacct的JobName列中使用的字符數？ 例如，我目前有： JobID JobName Elapsed NCPUS NTasks State ------------ ---------- ---------- ---------- -------- ---------- 12345 lengthy_na+ 00:00:01 4 1 FAILE
    slurm sacct 2017-02-14
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