2017-04-24 93 views
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沒有完成我有一個線性混合效應模型在R.線性混合效應模型中的R

未完成I使用包lmekin運行模型,因爲我擬合親屬關係矩陣作爲隨機的問題影響。我使用的公式是:

模型< - lmekin(疾病〜得分+年齡+(1 | IID),數據= phenotype_df, varlist中= kinship_mx)

phenotype_df是一個數據幀,有12000人,每個人都有疾病狀態(1或0),分數和年齡。 (注:我在這裏將疾病狀態視爲定量)。 kinship_mx是親緣關係矩陣,即。正對矩陣(12000x12000),對角線約爲0.5。

這個模型運行約1分鐘,當我使用〜1000個人。但是,我離開了該模型,在我們的大型服務器上運行了所有12000個人,並且在5天后還沒有完成。任何人都可以提出一個理由說明爲什麼會發生這種情況,以及是否有任何解決方案來使模型能夠完成?

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在我的經驗,根本沒有任何意義。 12000的尺寸並不可笑,你要求它做的事情相對簡單。如果您可以檢查系統分析器/任務管理器以查看它是否實際上仍在運行。然後,我會嘗試在本地計算機上運行腳本,每次添加1000個腳本,並查看是否可以在某個可以調試的位置獲得錯誤消息。 – sconfluentus

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只是爲了回覆更多信息 - 我查了一下'top',它肯定還在運行。我一直在嘗試「增加1000」 - 花了50分鐘跑2000人。仍然與其他增量運行。 – IcedCoffee

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如果是這種情況,您可能想嘗試使用r的多核心庫中的一個來分散工作。 – sconfluentus

回答

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只是爲了回答這個問題 - 他們在三週後完成了。這需要很長時間。

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