具有交叉重複效應和AR1協方差結構的線性混合模型，R

我有來自參與者（part）的受試者內部生理數據，他們都在三輪（round）上查看刺激（閱讀報紙），每個人都有五篇論文（paper），並在每個報紙中訪問次數（visit）不等。我有兩個固定因子（CONDhier和CONDabund）加上相互作用來預測生理狀態（例如，EDA），這通常是自迴歸。我嘗試考慮隨機效應的生理學個體差異（讓我們只爲現在解決攔截問題），也許還有另一個隨機效應的輪迴疲勞。具有交叉重複效應和AR1協方差結構的線性混合模型，R

因此，我的模型，我想R中運行的是，在SPSS：

MIXED EDA BY CONDhier CONDabund 
/FIXED=CONDhier CONDabund CONDhier*CONDabund | SSTYPE(3) 
/RANDOM=INTERCEPT | SUBJECT(part) COVTYPE(VC) 
/RANDOM=INTERCEPT | SUBJECT(part*round) COVTYPE(VC) 
/PRINT=SOLUTION 
/METHOD=REML 
/REPEATED=visit | SUBJECT(part*round*paper) COVTYPE(AR1).

現在，我已經明白，雖然lme沒有做交叉方面很好，lmer（即處理交叉項沒有問題）不能使用不同的協方差結構。我可以運行簡單的lme模型，例如

lme(EDA ~ factor(CONDhier) * factor(CONDabund), random= ~1 
    |part, na.action=na.exclude, data=phys2)

但是更復雜的模型超出了我的想象。我已閱讀，在LME交叉方面可以用隨機定義來做過類似

random=pdBlocked(list(pdCompSymm(~part), pdCompSymm(~round-1), pdCompSymm(~paper-1), 
pdCompSymm(~visit-1)))

，但似乎阻止AR1結構，第二個隨機截取了部分*回合，從我這裏。而且我不太確定它是否與我的SPSS語法一樣。

那麼，有什麼建議嗎？雖然在lme和lmer上有很多不同的着述，但是我找不到一個既有交叉項也有AR1的着作。（另外，lme上的語法似乎很模糊：從幾個不同的來源我已經理解了|左邊什麼在右邊，什麼是/什麼是嵌套術語，〜1是隨機截取，〜 x是隨機斜率，並且〜1 + x都是，但似乎至少有：以及我在任何地方都找不到的-1定義。是否有教程可以解釋所有不同的定義？）

來源

2013-11-21 RandomMonitor

不完整，但有關R混合模型語法的更多信息，請參閱http://glmm.wikidot.com/faq#modelspec –

謝謝！（+填充因爲註釋必須至少有15個字符的長度......） – RandomMonitor

你說得對，'lme4'缺乏「R-side」（自相關）結構（可能會有一段時間，我們被淹沒了）。我不確定（一個可重複的例子會很好），但是你可能想要像'random = pdBlocked（list（pdCompSymm（〜part-1），pdCompSymm（〜round-1），pdCompSymm（〜paper：圓），pdCompSymm（〜拜訪：論文：圓）））'......我不太清楚你的意思是「阻止AR結構」。您可能需要'correlation = corAR1（）'（儘管您可能會說這是行不通的）。 AD Model Builder/JAGS/BUGS/Stan（build-your-own）是我所知道的唯一的開源工具 –

-1

如果你有一個cross-covariance matrix使用典型相關分析（CCA）。有一個documentedRpackage for CCA。

來源

2016-06-26 23:32:35 noumenal

考慮允許複雜混合效應模型的R包MCMCglmm。

https://cran.r-project.org/web/packages/MCMCglmm/vignettes/CourseNotes.pdf

雖然它可以是具有挑戰性的實施，可能會解決你一直有問題。它允許固定和隨機效果公式分開給出，例如。

fixed <- formula(EDA ~ CONDhier * CONDabund) 
rand <- formula(~(us(1+ CONDhier):part + us(1+ CONDhier):round + us(1+ CONDhier):paper + us(1+ CONDhier):visit))

隨機效應之間的協方差結構給定爲可在MCMCglmm對象一旦模型已運行使用summary()待檢查係數。

來源

2016-09-07 09:02:31 tc13

謝謝，下次我需要的時候再試試。 – RandomMonitor

具有交叉重複效應和AR1協方差結構的線性混合模型，R

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