只有一個主成分的PCA圖

Question

我有三個環境變量的環境樣線數據。我在三個環境變量中對R進行了PCA。我想沿着一個主要compoent繪製我的觀點（我的橫斷面上的網站）。如果我在R中使用plot()函數，它會生成一個2d雙曲線。

如何創建PCA的一維圖？

這裏是我做了什麼：

pca1= princomp(~ X250 + X500 + shear, data=data, scores=TRUE, cor=TRUE) 
plot(pca1) 

Answer 1

如何創建我PCA的一維情節？

可以使用linestack()功能在素食主義者封裝單個PCA軸的曲線圖（其他人指出，導致您只得到在這種情況下，一個單一組分的錯誤）。

例如爲：

library("vegan") 
data(dune) 

## fit PCA 
pca <- rda(dune, scale = TRUE) 

## 1D plot 
linestack(scores(pca, choices = 1, display = "species")) 
linestack(scores(pca, choices = 1, display = "sites"), side = "left", add = TRUE) 

這給

的參數choices選擇要繪製的尺寸。在上面的例子中，這是組件1，但是可以通過這種方式選擇任何組件。

Answer 2

實際上，vegan::ordiplot()知道prcomp和princomp結果，如果只請求一個軸，將產生一個linestack圖。這應該工作：

pca1 <- princomp(~ X250 + X500 + shear, data=data, scores=TRUE, cor=TRUE) 
ordiplot(pca1, choices = 1) 

行和列的分數的縮放可以是奇數相對於彼此，雖然（rda秤更均等地）。