R中的簡單馬爾可夫鏈（可視化）

我想在R中做一個簡單的一階馬爾可夫鏈。我知道有像MCMC這樣的軟件包，但找不到能以圖形方式顯示的軟件包。這甚至有可能嗎？如果給定一個轉換矩陣和一個初始狀態，可以很好地看到馬爾可夫鏈中的路徑（也許我必須手動完成這個操作）。R中的簡單馬爾可夫鏈（可視化）

謝謝。

來源

2011-11-06 user1028531

我不熟悉這方面的包，但如果你不能找到你喜歡的罐頭繪圖命令，你總是可以自己提取矩陣和繪製出來：http://stackoverflow.com/questions/5453336/r-plot-correlation-matrix-into-a-graph –

謝謝。這是另一個想法，如果沒有這樣的東西存在:)。 – user1028531

稍微澄清一點或者你想要的東西的一個粗略例子會有幫助：下面的答案都在地圖上，因爲人們以不同的方式解釋你的問題。 –

也許這個查詢在映泰可以幫助你：Visualizing HMM files of HMMER3。它指向兩個外部應用程序LogoMat-M和HMMeditor，用於可視化Profile Hidden Markov模型（pHMM）。

來源

2011-11-06 14:26:48 Itamar

這顯示瞭如何將隨機轉換矩陣應用到特定的起始載體：C（1,0,0,0）：

set.seed(123) 
tmat <- matrix(rnorm(16)^2,ncol=4) 
    # need entries to be positive, could have used abs() 
tmat <- tmat/rowSums(tmat) # need the rows to sum to 1 
tmat 
      [,1]  [,2]  [,3]  [,4] 
[1,] 0.326123580 0.01735335 0.48977444 0.166748625 
[2,] 0.016529424 0.91768404 0.06196453 0.003822008 
[3,] 0.546050789 0.04774713 0.33676288 0.069439199 
[4,] 0.001008839 0.32476060 0.02627217 0.647958394 
require(expm) # for the %^% function 
matplot(t(  # need to transpose to get arguments to matplot correctly 
     sapply(1:20, function(x) matrix(c(1,0,0,0), ncol=4) %*% (tmat %^% x))))

你可以看到它達到平衡： enter image description here

來源

2011-11-06 18:36:30

我得到'錯誤：意外'['in'[「執行停止 ' –

我很抱歉聽到這個消息。代碼仍然運行正確的輸出在R 3.1.2 –

嗯......似乎在Rstudio中工作（雖然它也打印'錯誤：意外'['在'[「'），但不是當我執行它作爲Rscript通過bash。你有什麼想法，爲什麼？ –

包尾（http://cran.r-project.org/web/packages/coda/index.html）具有分析MCMC結果的工具，包括一些繪圖功能。

來源

2011-11-06 20:07:35 Jake

謝謝你們，那是我搜索的！ – user1028531

您可以使用markovchain R軟件包，模擬離散時間馬爾可夫鏈，幷包含基於igraph軟件包的繪圖工具。

library(markovchain) #loading the package 
myMatr<-matrix(c(0,.2,.8,.1,.8,.1,.3,0,.7),byrow=TRUE,nrow = 3) #defining a transition matrix 
rownames(myMatr)<-colnames(myMatr)<-c("a","b","c") 
myMc<-as(myMatr, "markovchain") 
plot(myMc)

來源

2015-03-10 15:46:35

R中的簡單馬爾可夫鏈（可視化）

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