R中hclust使用的聚類算法是什麼？

我使用hclust算法一直是，這裏是代碼：R中hclust使用的聚類算法是什麼？

hc = hclust(dist(mydata)) 
## tweeking some parameters for plotting a dendrogram 
# set background color 
op = par(bg="#DDE3CA") 
# plot dendrogram 
plot(hc, col="#487AA1", col.main="#45ADA8", col.lab="#7C8071", 
    col.axis="#F38630", lwd=3, lty=3, sub='', hang=-1, axes=FALSE) 
# add axis 
axis(side=2, at=seq(0, 400, 100), col="#F38630", 
    labels=FALSE, lwd=2) 
# add text in margin 
mtext(seq(0, 400, 100), side=2, at=seq(0, 400, 100), 
     line=1, col="#A38630", las=2) 
par(op)

什麼集羣的變化hclust使用，因爲我想以編程方式實現它？與維基百科上的實現一樣嗎：http://en.wikipedia.org/wiki/Hierarchical_clustering？

來源

2013-11-23 blue-sky

您能否更具體地瞭解您從「hclust」文檔和/或源代碼中無法理解的內容？否則，就好像你要求別人爲你做這項工作。 –

@Joshua Ulrich不喜歡自己實現這個算法，但我想使用與R提供的算法相同的算法，因此我的實現結果將與R的結果相匹配。我只想記錄在R中如何實現hclust。如果hclust的R文檔是最好提供這個然後那很好。 –

那麼，文檔是一個明顯的起點，它列出了'hclust'可以使用的不同聚集方法。你還想要什麼？ –

hclust實現基於Fionn Murtagh的Fortran代碼。它被存入statlib：http://lib.stat.cmu.edu/S/multiv。所有的方法都在他的手稿「用Fortan，C和Java代碼進行多元數據分析」中描述，你可以找到它here。他的資源網站http://www.classification-society.org/csna/mda-sw/也是一個很好的起點。希望這可以幫助。

來源

2013-11-23 18:34:34 TWL

但是請注意，代碼已經在R中調整了多次（即改進了！）; R中的算法現在更加通用，並且在一個地方比上面提到的原始Statlib代碼更有效率。只要按照Joshua Ulrich的建議：在閱讀幫助文檔之後，而不是閱讀R的源代碼，而不是statlib中的原始代碼。由於R使用基於http的svn，因此您可以通過瀏覽器查看所有R源代碼。這一個是 http://svn.r-project.org/R/trunk/src/library/stats/src/hclust.f

一個進一步的注意：agnes（）在包集羣提供更多樣化的凝聚聚類方法;值得注意的是在下一個版本cluster中更多的是全班。所有這些也是svn repositing和可用類似，爲agnes在 http://svn.r-project.org/R-packages/trunk/cluster/src/twins.c （也從舊Fortran翻譯，但現在更可讀）。

來源

2013-11-23 19:55:04

R中hclust使用的聚類算法是什麼？

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