如何使用pydicom訪問DICOMDIR文件中的單個NumPy數組？

我使用DICOM與Python和Pydicom庫，當我使用.dcm文件時我沒有問題。但我現在正在使用DICOMDIR數據集。如何使用pydicom訪問DICOMDIR文件中的單個NumPy數組？

我的代碼是下一個：

ds = dicom.read_file("dicomdir")

我試圖按如下方式訪問到pixel_array元素：

data = ds.pixel_array

我也得到了一個錯誤：TypeError: No pixel data found in this dataset.

的輸出print ds或多或少是下一個：

（0004,1230）文件集ID CS：'GEMS_11_10_111' （0004,1200）第一目錄記錄器UL的偏移：412 （0004,1202）最後目錄記錄UL的偏移：412 （0004,1212））文件集一致性標誌US：0 （0004,1220）目錄記錄序列7項----- （0004,1400）下一個目錄記錄的偏移UL：0 （0004,1410）記錄在（0004,1420）指定記錄類型CS：'患者' （0008,0005）特定字符集CS：'ISO_IR 100 '（0010,0010）患者姓名PN：'------------------' （0010，0020）患者ID LO：' 246992' （0010，0030）患者的出生日期DA： '19630523' （0010，0040）患者的性別CS： 'F'

偏移的下一個目錄記錄UL的

（0004，1400）：0 （0004,1410）記錄使用中的標誌US：65535 （0004,1420）參考低級Di UL的偏移：800 （0004,1430）目錄記錄類型CS：'STUDY' （0008,0005）特定字符集CS：'ISO_IR 100' （0008,0020）研究日期DA：'20111011' （0008,0030）研究時間TM：'151535.000000' （0008,0050）保藏號SH：' 1009819901' （0008，1030）研究說明LO： 'MG CONVENCIONAL' （0020，000D）的研究實例UID UI：1.2.840.113564.9.1.2005121220021252.20110608105548.21009819901 （0020，0010）研究ID SH： '1009819901' （0004，1410）記錄在使用中標誌美國：65535 （0004，1420）偏移參考的較低級別迪UL的：偏移的下一個目錄記錄UL的

（0004，1400）968 （0004,1430）目錄記錄類型CS：'SERIES' （0008,0005）特定字符集CS：'ISO_IR 100' （0008,0060）模式CS：'MG' （0008,103e）系列描述LO：'屏幕保存' （0020，000e）系列實例UID UI：1.2.840.113619.2.144.2347322947.2192645372。5 （0020 0011）系列號爲： '354'

偏移的下一個目錄記錄UL的

（0004，1400）：1298 （0004，1410）記錄在使用中標誌美國：65535 （0004,1420）引用的下級Di的偏移UL：0 （0004,1430）目錄記錄類型CS：'IMAGE' （0004,1500）參考文件ID CS：['DICOM'，'PA1'，' ST1'，'SE1'，'IM1'] （0004,1510）文件UI中的引用SOP類UID：輔助捕獲圖像存儲（0004,1511）文件UI中引用的SOP實例UID：1.2.840.113619.2.144.44653394.14990 .1318380911.86 （0004,1512）R （0008,0023）特定字符集CS：'ISO_IR 100' （0008,0008）圖像類型CS：'DERIVED' （0008,0023）內容日期DA：參考的F UI中的傳輸語法UID：明確的VR小端序（0008,0023） '20111011' （0008，0033）內容時間TM： '151909.000000' （0020 0013）實例編號爲： '8844' （0028，0010）行美國：2298 （0028，0011）列美國：1980年（0028，1052）重縮放截取DS： '0' （0028，1053）重新縮放斜率DS： '1'

最後一部分被重複四次。我在我的DICOMDIR數據集中有4個圖像。

你知道如何使用Numpy Array訪問每個圖像的字段嗎？

來源

2012-04-12 omar

注意到，你問在[pydicom用戶論壇] HTTPS同樣的問題（： //groups.google.com/forum/?fromgroups#!topic/pydicom/TR2nl6_JRtM）。爲了完整起見，如果您可以在SO上提供此答案的副本，那將是非常好的。 – 2012-06-12 11:03:48

@AndersGustafsson是好的，你說得很對。 – omar 2012-06-13 16:38:25

我通過Suever收到Pydicom用戶論壇的答案：

DICOMDIR文件不包含與路徑數據集中的每個文件一起任何的像素信息，而是基本的頭信息。爲了從每個圖像中獲取像素數據，您必須遍歷dicomdir數據集以獲取單個dicom文件（相對於當前目錄）的文件路徑，然後從每個單獨的dicom中加載像素數據文件。

一個簡單的方法來做到這將是（有可能是更好的方法）

ds = dicom.read_file("dicomdir") 
    pixel_data = list() 
    for record in ds.DirectoryRecordSequence: 
     if record.DirectoryRecordType == "IMAGE": 
     # Extract the relative path to the DICOM file 
      path = os.path.join(*record.ReferencedFileID) 
      dcm = dicom.read_file(path) 

      # Now get your image data 
      pixel_data.append(dcm.pixel_array)

它的工作原理;）

來源

2012-06-13 16:46:27 omar

如何使用pydicom訪問DICOMDIR文件中的單個NumPy數組？

回答

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