matplotlib：散射（）上imshow（）上收縮顯示點座標

我有一個2D陣列img_pseudo_df，我通過imshow()繪製，並且表示一些其中每個熒光點的中心表示細胞僞熒光數據：matplotlib：散射（）上imshow（）上收縮顯示點座標

img = plt.imshow(img_pseudo_df.T, cmap=plt.cm.gray, interpolation='none', extent=(0.0,N_pixels,0.0,N_pixels))

在上面我正在固定一個先驗的數字大小到N_pixels，我轉移圖像爲了我的方便。由此得出的數字看起來就像例如：

enter image description here

在該圖的頂部，我想覆蓋一個scatter()圖，其中每個點代表一個細胞。我傳遞散射（區間[0,N_pixels]內的每個）中的像素值x和y座標：

plt.scatter(x,y)

但是由於某種原因，這些座標似乎相對於所述熒光的在圖中的座標縮水：

enter image description here

我搞不清楚我做錯了什麼，以及如何獲得imshow座標與我的觀點匹配。這顯然是imshow()的一個常見問題，但目前爲止找不到適合我的答案。

特別是，x和y包含行列img_pseudo_df數組的索引值。這個陣列由

img_pseudo_df = zeros((N_pixels,N_pixels))

最初創建然後像素(x,y)在img_pseudo_df由2D高斯濾波器（以產生僞熒光appeareance）分配一定signal值和卷積：

for cell,pixel in enumerate(zip(x,y)): 
    img_pseudo_df[pixel] = signals[cell] # signals contains N cells values and there are N cells (x,y) pairs 
img_pseudo_df = convolve2d(space, gaussian_kern(20), mode='valid')

作爲過濾器以0爲中心，由以下部分構成：

def gauss_kern(size, sizey=None): 
""" Returns a normalized 2D gauss kernel array for convolutions """ 
size = int(size) 
if not sizey: 
    sizey = size 
else: 
    sizey = int(sizey) 
x, y = mgrid[-size:size+1, -sizey:sizey+1] 
g = exp(-(x**2/float(size)+y**2/float(sizey))) 
return g/g.sum()

我期待熒光poi nt以細胞位置(x,y)爲中心。

在此先感謝您的幫助。

乾杯，

中號

來源

2015-06-23 maurizio

如何創建'x'和'y'？難道這些值是錯的？ – hitzg

@hitzg謝謝你指出：我相應地編輯了我的帖子。 – maurizio

好吧，確實在卷積錯誤。正確的選項是mode='same'，以便使得出的數字匹配最初爲空的「img_pseudo_df」。

乾杯，

中號

來源

2015-06-23 13:53:21 maurizio

matplotlib：散射（）上imshow（）上收縮顯示點座標

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