你可以使用blastn來檢查完全匹配嗎？

Question

我需要知道哪些主題的查詢已經匹配，哪裏匹配，並且這場比賽必須是100％。有沒有辦法使用blastall來做到這一點？

謝謝。

Answer 1

您無法將映射準確性限制爲100％，但可以使用-evalue參數提高E值的嚴格度，即使用非常小的E值。除此之外，即可返回對象ID或登錄號以及貼圖座標，你可以使用自定義輸出格式，如這樣的：

-outfmt "6 qacc sacc sseqid evalue qstart qend sstart send" 

這將會以表格的形式返回的輸出與8列，其中： qacc是查詢加入，sacc是受試者加入，sseqid是主體SEQ-ID，evalue被用於對準E值，qstart和qend是查詢開始和用於對準和sstart和send受試者開始端貼圖座標併爲對齊結束映射座標。全部放在一起爲例blastn電話：

blastn -query /path/to/myquery.fasta -db /path/to/db -evalue 0.001 -out /path/to/myoutput.tsv -outfmt "6 qacc sacc sseqid evalue qstart qend sstart send" 

blastn -help會給你自定義輸出格式更多的選擇。