$ SGE_TASK_ID沒有得到設定的qsub網格陣列工作

一個非常簡單的腳本zsh：

#!/bin/zsh 

nums=(1 2 3) 
num=$nums[$SGE_TASK_ID]

$SGE_TASK_ID是太陽網格引擎任務ID。我正在使用qsub提交一系列作業。

我下面什麼在使用qsub手冊頁（http://www.clusterresources.com/torquedocs/commands/qsub.shtml#t）建議並提交我的陣列工作作爲

#script name: job_script.sh 
qsub job_script.sh -t 1-3

$ SGE_TASK_ID沒有被設置爲這個陣列的工作......沒有任何人有任何想法，爲什麼？

謝謝！

來源

2013-05-10 sidmontu

你確定你使用'bash'嗎？我無法在'bash'中觸發該錯誤，我認爲Sun使用不同的shell作爲它的'/ bin/sh'。無論如何，給出的答案應該可行。 – chepner 2013-05-10 14:17:50

哎呦，對不起，我在zsh上。我不認爲這很重要，因爲我確信我可以在bash環境中執行相同的命令，這是默認的環境設置。 – sidmontu 2013-05-10 17:03:28

我的個人意見：繼續編輯此問題，替換舊問題。目前的答案都沒有涉及到爲什麼'SGE_TASK_ID'沒有設置的真正問題。 – chepner 2013-05-10 17:15:08

謝謝大家的答案。我發現，有效的解決方案：

根據羣集的設置方式，在Sun Grid Engine的可能被配置爲使用另一個變量名數組ids。這對我來說是如此。我發現變量通過執行以下操作使用方法：

// job_script.sh

#!/bin/zsh 
env >> ~/job_env 
set >> ~/job_env

這轉儲由腳本設置到一個名爲job_env文件中的所有環境變量。只需簡單地查看文件並查找爲每個作業遞增的變量數組ID。不應該很難找到。

記住要通過qsub提交job_script.sh如下：

qsub -t 1-3 job_script.sh

在我的情況下，所設定的ID爲$ PBS_ARRAYID。我不認爲這是默認設置，所以$ SGE_TASK_ID應該適用於羣集上的標準SGE設置。

乾杯！

來源

2013-05-14 21:45:52 sidmontu

要訪問您的陣列中的位置，你必須做這樣的：${the_array[$the_position]}。

你的情況

所以，

num=${nums[$SGE_TASK_ID]}

測試：

$ nums=(1 2 3) 
$ SGE_TASK_ID=1 
$ echo ${nums[$SGE_TASK_ID]} 
2

注意，第一個位置是第0個。

來源

2013-05-10 14:01:50 fedorqui

您需要環繞數組變量用花括號：

SGE_TASK_ID=2 
nums=(1 2 3) 
num=${nums[$SGE_TASK_ID]} 
echo "num: $num" 
# prints "num: 3"

Linux文檔項目有best shell scripting docs

來源

2013-05-10 14:01:59

謝謝！我嘗試了所有這些，但沒有奏效。我意識到我在識別錯誤時犯了一個錯誤，並且更新了我遇到的問題。 – sidmontu 2013-05-10 17:04:32

嘗試提交這樣的作業：

qsub -t 1-3 job_script.sh

，看看是什麼發生。

觀察：

qsub -sync y job_script.sh -t 1-3 
Your job 74578 ("job_script.sh") has been submitted 
Job 74578 exited with exit code 0.

與

qsub -sync y -t 1-3 job_script.sh 
Your job-array 74579.1-3:1 ("job_script.sh") has been submitted 
Job 74579.3 exited with exit code 0. 
Job 74579.1 exited with exit code 0. 
Job 74579.2 exited with exit code 0.

注意，扭矩（在你的問題中提到的手冊頁）是由SGE有點不同。我的SGE手冊頁絕對建議在命令前加上所有選項。此外，SGE不喜歡用於限制同時作業的最大數量的「％」語法，但我至少讓我說-tc NNN來指定限制（手冊頁中未提及，但在qsub -help中）。

來源

2013-05-14 19:11:48 jlp

$ SGE_TASK_ID沒有得到設定的qsub網格陣列工作

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