sungridengine

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我使用SGE任務數組功能來完成我的工作：首先讀取一個原型，然後讀取不同的數據進行計算。但是，有時讀取原型時，作業會失敗。該錯誤表明原型不存在或不完整。但我確定原型文件存在並且已完成 qsub -q HTS_QUEUE -R y -r y -S /usr/bin/perl -cwd -t 1-$nphonemes Training.pl ./Config/Config.pm.2 以上是我的命令。

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SGE只能在一個節點

我所建造的SGE在源代碼中的四個節點的集羣中運行一個任務。 Centos7中的操作系統。當我在集羣中提交一些簡單的任務時，我發現只有一個任務在一個節點上運行。有什麼問題？這是我的任務代碼： sleep 60 echo "done" ，這是我的CMD提交任務： DIR=`pwd` option="" for((i=0;i<5;i++));do qsub -q multislots

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導入熊貓禁用圖形

我正在使用Sun Grid Engine運行分析。然而，在我的代碼導入大熊貓，這將導致該錯誤得到提升： import pandas as pd ：無法連接到X服務器：3026.0 我已經從收集一些谷歌搜索和我的系統管理員的對話是pandas正在嘗試加載圖形，而SGE不允許這樣做。我不想用pandas做任何繪圖。我只想使用它的DataFrame功能。有沒有辦法加載pandas圖形被禁用，所以

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檢查來自qsub的輸出：Sungrid羣集

有辦法檢查提交的作業的輸出。輸出文件的寫入延遲很大，所以我希望能夠看到它們是否有任何問題。我看到PBS有選項-k oe直接將qsub輸出寫入主目錄中的文件，但找不到類似的解決方案。

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Sun Grid Engine上的同時啓動-hold_jid作業

如何開始一堆使用-hold_jid選項的SGE（Sun Grid Engine）作業，但不需要巧妙排序qsub提交的順序。如果我做到這一點寄託都很好，其中JOB2等待JOB1結束： qsub job1.sh qsub -hold_jid job1.sh job2.sh # OK: job2 waits for job1 但是，如果我不是以不同的順序如下圖所示提交，作業2錯誤啓

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使用qsub請求尚未在SGE中分配的內存

我在使用Starcluster設置的AWS EC2上擁有Sun Grid Engine集羣。每個節點有4個處理器和16G RAM。我想提交一個任務數組，每次使用一個完整的節點（全部4個處理器和16G RAM）分派2個作業。但是，我不想創建一個像-pe smp 4這樣的標誌的並行環境，因爲這是經驗性的，會大大降低性能。是否有一個qsub標誌表示類似於「將作業提交給具有未分配給任何其他作業的16G內存

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qsub正在csh中執行我的bash腳本儘管shebang

我想向我的大學的Sungrid計算集羣提交一個bash腳本來在循環中運行可執行文件。當我登錄到服務器，我在bash： $ echo $SHELL /bin/bash 我包括在腳本的頂部，一個bash家當，我傳遞給的qsub： $ cat shell_sub #!/bin/bash #$ -N bSS_s13 #$ -o logs/bSS_s13.log #$ -j y #$ -cw

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如何在cronjob中設置SGE的PATH

我的qsub駐留在SGE中。所以，當通過cronjob運行sh腳本時，我收到錯誤：找不到qsub：命令。當前設置的路徑爲： PATH =/usr/bin：/ bin

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SGE作業3小時後終止

我習慣了扭矩，所以我希望有些Sun SGE大師能夠提供幫助。我無法弄清楚爲什麼我的工作正在終止，接近3小時。這些工作正在被提交給一個空的隊列，而沒有與ROCKS 6.2的新安裝競爭。短於3小時的工作沒有任何問題。這裏的服務器配置（我認爲） [[email protected]]$ qconf -ssconf algorithm default schedule_interval

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使用Sun Grid Engine時未找到文件（存在）

我正在使用Matlab在使用Sun Grid Engine的羣集上執行某些圖像處理。在我的個人筆記本電腦上，代碼運行良好，但是當我在羣集上運行它時，出現了幾個無法找到的文件錯誤。例如，存在一個.nii（nifti）文件（我可以在shell中以交互方式運行matlab時讀取它）。從輸出日誌摘錄： {^HError using load_nii_ext (line 97) Cannot find f