在大數據集的Scipy錯誤中繪製樹狀圖

我正在使用Scipy進行分層聚類。我確實設法使用fcluster將閾值設置爲閾值。但是我需要將形成的樹狀圖可視化。當我使用樹狀圖方法時，對於5-6k個用戶矢量，它工作正常。但是我的數據庫包含16k個用戶向量。當我運行它的16K用戶聚類功能引發以下錯誤：在大數據集的Scipy錯誤中繪製樹狀圖

File "/home/enthought/lib/python2.7/site-packages/scipy/cluster/hierarchy.py", line 2333, in _dendrogram_calculate_info 
leaf_label_func, i, labels) 
File "/home/enthought/lib/python2.7/site-packages/scipy/cluster/hierarchy.py", line 2205, in _append_singleton_leaf_node 
ivl.append(str(int(i))) 
RuntimeError: maximum recursion depth exceeded while getting the str of an object

的可視化聚類較大dataser任何想法？

來源

2012-04-18 Maxwell

一個簡單的想法是擴展你的記憶，否則你可能需要深入實現細節，使例程內存友好。 – 2012-05-06 23:40:54

@Maxwell，如果您發現最高票數的答案有幫助，那麼繼續並將其標爲正確！ :) – VedTopkar 2016-02-10 23:33:30

我有同樣的事情發生在我身上，但只有在使用某些方法（單一，平均，完整）進行聚類時，但不是病房。我想知道是什麼觸發了這種情況 - 相同大小的連接矩陣的特性使遞歸變得如此之深？ – user1603472 2017-02-28 14:19:44

這可能有點晚，但如果您對增加遞歸限制以顛覆遞歸深度限制感到滿意，則可以這樣做。這不是推薦，絕對不是'pythonic'，但它可能會讓你得到你想要的結果。

import sys 
sys.setrecursionlimit(10000)

來源

2013-08-01 21:48:21 VedTopkar

在大數據集的Scipy錯誤中繪製樹狀圖

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