如何訪問snakemake腳本名稱？

Question

有沒有辦法訪問snakemake正在運行的snakefile的名稱？它似乎可以通過解析sys.argv進行訪問，但是我想知道是否有可用的變量包含這樣的環境信息？

Answer 1

在snake文件中，您可以通過workflow.snakefile訪問正在使用的snakefile的完整路徑。 workflow對象公開其他調用信息;您可以通過print(dir(workflow))（在蛇文件中）探索所有屬性和方法。

如果你想Snakefile的不僅是文件名，你可以用os.path.basename()解析出來：

import os 
print(os.path.basename(workflow.snakefile))