在Snakemake腳本中使用argparse

是否可以將自定義命令行參數傳遞給snakemake腳本？我試過了，但執行Snakefile與導致錯誤snakemake: error: unrecognized arguments: -zz。以下是一個示例腳本。在Snakemake腳本中使用argparse

import argparse 

def get_args(): 
    parser = argparse.ArgumentParser(description='Compares Illumina and 10x VCFs using RTG vcfeval') 

    # required main arguments 
    parser.add_argument('-zz', metavar='--filename', dest='fn', help='Filename', required=True) 

    # parse arguments 
    args = parser.parse_args() 

    fn = args.fn 
    return fn 

fn = get_args() 

rule test_1: 
    input: 
     fn + "/example.txt" 
    shell: 
     "echo Using file {input}"

來源

2017-08-30 JeeYem

你是如何調用這個腳本的？通常我會希望看到：'python your_script.py -zz afilename'。 – hpaulj

找到解決方案。允許通過'--config'。 [來源]（http://snakemake.readthedocs.io/en/stable/project_info/faq.html#is-it-possible-to-pass-variable-values-to-the-workflow-via-the-command-線） – JeeYem

從命令行傳遞參數是possible using --config。例如：

snakemake --config zz="filename"

在snakefile腳本，這可以以這種方式使用：

rule test_1: 
    input: 
     fn + config['zz'] 
    shell: 
     "echo Using file {input}"

See the doc獲取更多信息。

來源

2017-08-31 02:51:13 JeeYem

在Snakemake腳本中使用argparse

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