通過qsub運行R腳本

我試圖通過qsub運行一個名爲test.r的腳本R。我R腳本如下：通過qsub運行R腳本

#!/usr/bin/Rscript 
x <- 1 
write.csv(x,"test.csv")

如果在Ubuntu終端I型R CMD BATCH test.r，那麼腳本的行爲按計劃完成; test.csv被導出到相同的目錄中。

但是，如果我創建了一個名爲testbash.sh的bash腳本並通過命令qsub testbash.sh運行它;它將運行無誤，但輸出不會在那裏。

#!/usr/bin/bash 
R CMD BATCH test.r

如何解決這個問題？

來源

2013-10-17 user2763361

你可能做錯了。如果你有一個shebang行像

#!/usr/bin/Rscript

那麼「簡單」在文件上做chmod 0755 test.r，並運行它：

./test.r

這應該工作，然後你就可以在你的qsub-該調用所謂的腳本。

來源

2013-10-17 03:01:20

嘗試修改您的[R腳本：

#!/usr/bin/Rscript 
x <- 1 
print(getwd()) 
write.csv(x,"test.csv")

當您通過qsub運行一個腳本，該腳本通常在另一臺服務器上運行，並默認在您的主目錄。你需要改變原來的目錄在腳本中，有一個變量PBS_O_WORKDIR爲：

#!/usr/bin/bash 
#PBS -N qsub_R_test 
echo We are in the $PWD directory 
cd $PBS_O_WORKDIR 
echo We are now in $PBS_O_WORKDIR, running an R script. 
R --vanilla <test.r> test.log 2> test.log

我通常不能使用R CMD BATCH，但重定向R -vanilla作品。您也可以在腳本中指定PBS的選項，從#PBS開始，如本例中的作業名稱（qsub_R_test）。

你可以得到的qsub參數這裏的詳細列表： http://www.csc.fi/english/pages/louhi_guide/batch_jobs/commands/qsub

而且這裏PBS腳本的例子： http://bose.utmb.edu/Compu_Center/Cluster_users/PBS%20HOWTO/PBS_HOW_TO.html

來源

2014-03-07 10:25:52

通過qsub運行R腳本

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