在bash腳本中指定輸入文件

Question

我的問題是我正在寫一個bash腳本。我需要爲名爲STAR的工具指定輸入文件，這是生物信息學使用的對準器。它有一個標誌--readFilesIn。在我的情況下，這需要兩組多個文件（fastq文件）逗號分隔，兩組由空格分隔;輸入的樣子：

STAR [OPTIONS] --readFilesIn fq_r1_1,fq_r1_2,fq_r1_3 fq_r2_1,fq_r2_2,fq_r2_3 

由於每一組的fastq文件的數量不同，名字我已經想用下面，其中$文件是包含的fastq文件的目錄中。

dir $files | cut -d " " -f 9 | sed 's/\s *//g' | grep _r1_ | paste -sd "," 

這產生了正確的格式，但對齊器不接受輸入。我已經嘗試寫入文件並將其提供，但這也不起作用。這種情況下bash的約定是什麼？

提前許多感謝，

布魯斯。

我該如何讓對齊器接受這個。它就像我的第一個例子一樣。

Answer 1

請問以下工作？

group1=(fq_r1_*) 
group2=(fq_r2_*) 
(IFS=,; STAR [OPTIONS] --readFilesIn "${group1[*]}" "${group2[*]}") 

（子外殼內運行的命令，以避免需要保存的當前值，如果有的話，的IFS）。