如何在Java或clojure中使用ImageJ進行批量圖像處理？

Question

我想用ImageJ來做幾千張圖片的處理。

有沒有辦法讓任何一般的imageJ插件自動應用到數百個圖像？

例如，說我想把我的一千圖像和應用極變換以每---

爲ImageJ的極性轉換插件可以在這裏找到：

http://rsbweb.nih.gov/ij/plugins/polar-transformer.html

大！讓我們使用它。來源：

http://albert.rierol.net/imagej_programming_tutorials.html#How%20to%20automate%20an%20ImageJ%20dialog

我發現我可以使用應用插件以下內容：

(defn x-polar 
    [imageP] 
    (let [thread (Thread/currentThread) 
     options ""] 
    (.setName thread "Run$_polar-transform") 
    (Macro/setOptions thread options) 
    (IJ/runPlugIn imageP "Polar_Transformer" ""))) 

這是一件好事，因爲它抑制，否則將彈出的每張圖片的對話框。但是，當我想要的只是簡單地返回變換後的圖像時，運行它總是會彈出一個包含變換圖像的窗口。

最愚蠢的做我想做的事情就是關閉窗口，返回它正在顯示的圖像。

我想要做什麼，但絕對是弱智：

(defn x-polar 
    [imageP] 
    (let [thread (Thread/currentThread) 
     options ""] 
    (.setName thread "Run$_polar-transform") 
    (Macro/setOptions thread options) 
    (IJ/runPlugIn imageP "Polar_Transformer" "") 
    (let [return-image (IJ/getImage)] 
     (.hide return-image) 
     return-image))) 

我顯然缺少的東西有關如何在一個編程環境中使用ImageJ的插件。 有誰知道正確的方法來做到這一點？

感謝， - 羅伯特·麥金太爾

Answer 1

不幸的是，這是很常見的，而不考慮程序中使用寫入ImageJ的插件，而且也沒有真正圍繞得到的一種優雅的方式不改變插件的代碼。 （你已經發現，大約有不太滿意的方式:)）所以，在你的位置，我只想改變代碼Polar_Transformer.java以下列方式：

http://gist.github.com/452826

...這是隱約沿Fiji PlugIn Design Guidelines中建議的行，同時仍試圖對原始代碼進行最小更改。然後，您可以創建PlugIn對象並在其上調用exec(...)，以提供所需的選項。 （我沒有真正測試過這個補丁，但你明白了。）

我希望這有些幫助 - 我看到你的問題是前一段時間，所以我猜你可能已經找到了其他一些解決方法同時。