素食主義者包中的vegdist錯誤消息

Question

我正在嘗試在R中使用素數包，將數據集作爲列和物種數作爲列進行計算。我的數據格式爲文本文件（製表符分隔），幷包含大量'0'物種計數。然而，當我嘗試創建一個距離矩陣我得到以下錯誤消息：

嘶叫< - vegdist（DATA1，方法= 「佈雷」）
警告信息： 1：在vegdist（DATA1，方法=「佈雷」）： 你有空行：他們的不同點可以是在方法「佈雷」 2無意義：在vegdist（DATA1，方法=「佈雷」）：在結果中缺失值

這防止箱從執行NMDS：

> nmds <- metaMDS(data1, k = 2, 
+   distance = 'bray', autotransform = FALSE) 
Error in if (any(dist < -sqrt(.Machine$double.eps))) warning("some dissimilarities are negative -- is this intentional?") : 
    missing value where TRUE/FALSE needed 
In addition: Warning messages: 
1: In distfun(comm, method = distance, ...) : 
    you have empty rows: their dissimilarities may be meaningless in method 「bray」 
2: In distfun(comm, method = distance, ...) : missing values in results 

我該如何解決這個問題？

謝謝你的回答！

Answer 1

某些列只包含0個計數。刪除這些將使其工作