多重比較的選項素食主義者阿多尼斯

我使用vegan包中的adonis函數來確定多個不同因素在社區（PCB同源物）中的不同之處。我還決定使用simper子例程來評估哪些社區成員對觀察到的差異貢獻最大。有沒有辦法在simper函數中包含多個因子。我跑了這個adonis模型（見下文），這是我的代碼爲simper例程（目前不起作用）。非常感謝。多重比較的選項素食主義者阿多尼斯

#Adonis model 
pcbtest3<-adonis(pcbcong~FISH_CLASS+REACH+BASIN,data=pcbcov,method="bray",permutations=999) 
pcbcong=matrix of community dissimilarities 
FISH_CLASS,REACH, BASIN are factors 
#Simper 
simp<-with(pcbcov, simper(pcbcong,(FISH_CLASS, BASIN, REACH)))

來源

2014-01-19 outside842

simper只能與一個分組變量一起使用。

解決方法是使用interaction()從所有三個因素中創建一個新的分組變量。

解釋這將是尷尬的（取決於多少因素水平），我不知道這是否有意義 - 所以要小心。

來源

2014-01-19 23:34:23 EDi

對於我的因素：FISH_CLASS有兩個層次，REACH有兩個層次，BASIN有三個層次。創建一個將所有因素組合在一起並重新運行的新因素是不恰當的嗎？ – outside842

這會導致66次比較 - 所以快樂的扭曲... – EDi

爲什麼不使用排序技術？（也許是dbRDA？或tbRDA？） – EDi

多重比較的選項素食主義者阿多尼斯

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