提高FFT的循環速度

Question

我聽說在R中編寫循環特別慢。我有以下的代碼需要通過122000行的每一個具有513列運行，並使用fft()功能改造他們：

for (i in 2:100000){ 
    Data1[i,2:513]<- fft(as.numeric(Data1[i,2:513]), inverse = TRUE)/512 
} 

我曾嘗試1000次，做這做那了幾分鐘...有一種更快的方式來做這個循環？也許不使用循環或在C中使用它？

Answer 1

mvfft（記錄在fft幫助頁面）旨在一次完成此操作。很難想象如何更快地做到這一點：對於數據集，只需不到3秒鐘（在舊的Xeon工作站上）就可以完成您的規模。

n.row <- 122e3 
X <- matrix(rnorm(n.row*512), n.row) 
system.time(
    Y <- mvfft(t(X), inverse=TRUE)/512 
) 

用戶系統經過

2.34 0.39 2.75

注意，在這種情況下，離散FFT具有複數值。

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的FFT是快速。通常，他們可以用比從ASCII文件讀取數據花費的時間更少的時間進行計算（因爲讀取中涉及的字符到數字的轉換需要比FFT中的計算更多的時間）。因此，您的限制資源是I/O吞吐速度和RAM。但是，512個複雜值的向量只佔用一個千兆字節，所以你應該沒問題。