使用igraph繪製網絡時的巨大箭頭

Question

編輯 我試圖弄清楚我的代碼出了什麼問題，我開始繪製簡單的圖形以查看箭頭在較小圖形上的顯示方式。我累了下面的命令：

g2 <- graph(edges=c(1,2, 2,3, 3, 1), n=10) 
plot(g2) 

這是我的圖：​​。因此，我認爲問題不在於我的代碼，而在於使用igraph或R。我重新安裝了兩者，igraph和R，但它沒有解決問題。是否有導致這種情況的軟件包衝突？下面是一個點燃的包，我已經安裝：

[1] "base"   "boot"   "class"  "cluster"  
[5] "codetools" "colorspace" "compiler"  "datasets"  
[9] "dichromat" "digest"  "doParallel" "foreach"  
[13] "foreign"  "graphics"  "grDevices" "grid"   
[17] "gridBase"  "gtable"  "igraph"  "irlba"  
[21] "iterators" "KernSmooth" "labeling"  "lattice"  
[25] "lazyeval"  "magrittr"  "MASS"   "Matrix"  
[29] "methods"  "mgcv"   "munsell"  "nlme"   
[33] "NMF"   "nnet"   "parallel"  "pkgmaker"  
[37] "plyr"   "RColorBrewer" "Rcpp"   "registry"  
[41] "reshape2"  "rngtools"  "rpart"  "scales"  
[45] "spatial"  "splines"  "stats"  "stats4"  
[49] "stringi"  "stringr"  "survival"  "tcltk"  
[53] "tibble"  "tools"  "utils"  "xtable"  

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我想產生一個網絡的情節，由於某種原因，我在我的箭頭模樣的小矩形，而不是通常的三角箭頭。

這裏是我用我的繪圖代碼：

toy.edges <- na.omit(read.csv("Data/Edge_list-toy.csv", header = TRUE, colClasses = "numeric", na.strings = c("NA", "", "#N/A"))) 
toy.nodes <- na.omit(read.csv("Data/NodesDataF-toy.csv", header = TRUE, na.strings = c("NA", "", "#N/A"))) 
toy.graph <- graph_from_data_frame(toy.edges, directed = TRUE, vertices = toy.nodes) 

V(toy.graph)$color <- "magenta" 
V(toy.graph)$shape <- "sphere" 
V(toy.graph)$size <- 3*15^(ifelse(is.na(V(toy.graph)$node.size), 0.001, 
V(toy.graph)$node.size)) 
plot(toy.graph, layout = layout.fruchterman.reingold(toy.graph), 
    vertex.label=NA, edge.width=E(toy.graph)$weight, 
    edge.arrow.size=0.005, edge.arrow.width=0.0000001) 

而且這裏有一個例子情節：

它，當我需要稍微大一點的值edge.arrow.size看起來更糟 和edge.arrow.width。

我的代碼有什麼問題？它可以與R的版本有關嗎？我之前製作了大量的劇情，使用了非常相似的命令，而且我從來沒有遇到過問題。

這裏是與nodes info和edge list文件。

Answer 1

所以看起來問題在於R如何在我的電腦上顯示圖形。當我不是直接在控制檯上繪製圖形，而是將它保存到一個文件中時，一切看起來都很好。下面是我使用，代碼的情況下，其他人面臨着類似的問題：

png("my-plot.png", width=1200, height=1200) 
par(mar=c(0,0,0,0)) 
plot(mat_gr, layout = layout.auto(mat_gr), vertex.label=NA, 
    edge.width=E(mat_gr)$weight) 
dev.off() 

我知道它並沒有解決與顯示巨大箭頭的問題，但至少它允許產生的節省可用的地塊。