使用python繪製社區igraph

Question

python-igraph中有一個圖g。我可以得到一個VertexCluster社會結構如下：

community = g.community_multilevel() 

community.membership讓我在圖中的所有頂點組成員的名單。

我的問題很簡單，但我沒有在SO上找到python特定的答案。我如何繪製其社區結構的可視化圖？最好爲PDF，所以像

layout = g.layout("kk") 
plot(g, "graph.pdf", layout=layout) # Community detection? 

非常感謝。

Answer 1

您可以將VertexClustering對象直接傳遞給繪圖函數;它會自動繪製底層圖形，並自動爲羣集選擇顏色。像往常一樣，可以在layout = ...關鍵字參數中指定所需的佈局。

Answer 2

頂點保持在layout，有序和VertexCluster，所以你可以做這樣的事情：

查找社區結構社區的數量：

>>> max(community.membership) 
10 

然後創建一個列表/字典與max + 1獨特的顏色（可能不像以下手動）：

>>> color_list = [ 
...  'red', 
...  'blue', 
...  'green', 
...  'cyan', 
...  'pink', 
...  'orange', 
...  'grey', 
...  'yellow', 
...  'white', 
...  'black', 
...  'purple' 
... ] 

然後，使用列表理解，創建一個包含每個頂點的顏色列表基於該頂點的組成員，並分配給：

plot(g, "graph.png", layout=layout, 
    vertex_color=[color_list[x] for x in community.membership]) 

結果（這是這麼漂亮！）

Answer 3

一個很好的方式來繪製社區可以是以下使用mark_groups：

例子：

from igraph import * 
import random 

random.seed(1) 

g = Graph.Erdos_Renyi(30,0.3) 
comms = g.community_multilevel() 

plot(comms, mark_groups = True) 

這將導致以下：