用awk從DSSP中提取螺旋殘基

Question

我想從DSSP文件中提取螺旋（H）殘基。

1CRN.dssp

31 37 A K H < S+ 
32 38 A V H < S+ 
33 39 A F H >< S- 
34 40 A G G >< S+ 
35 41 A K G > S+ 

1GB5.dssp

113 242 B G H 3>>S+ 
114 243 B I H <45S+  
115 244 B L H X45S+  
116 245 B S H 3<5S+ 
117 246 B K T >X5S+ 

我想保存在以下格式的輸出。

>1CRN 
KVF 
>1GB5 
GILS 

我該怎麼用awk做到這一點？您的建議將不勝感激！

Answer 1

第5列中的'H'表示「螺旋（H）殘基」？

awk '{ 
    if (FNR == 1) print ">" FILENAME 
    if ($5 == "H") { 
    printf $4 
    } 
} 
END { printf "\n"}' file 

輸出

>tstDat.txt 
KVF 

IHTH