在Biopython PDB模塊中獲取殘基編號和殘基名稱

我正在使用pymol的迭代獲取所有殘基編號，然後使用它們檢索殘基名稱。我認爲這不是最好的辦法。我試圖尋找一種biopython的方式無濟於事。我希望你的意見和建議。在Biopython PDB模塊中獲取殘基編號和殘基名稱

一個側面的問題，有時甚至是鏈[i] .resname給我一個KeyError：（''，'number'，''）帶有一定的殘基，這使我使用try和except塊。任何替代品？

from Bio import * 
from Bio.PDB.PDBParser import PDBParser 
from Bio.PDB.Polypeptide import PPBuilder 
structure = PDBParser().get_structure('5bmy', '5bmy.pdb')  
model = structure[0] 
chain = model['A'] 

import __main__ 
__main__.pymol_argv = ['pymol','-qc'] 
import pymol 
from pymol import cmd, stored 
pymol.finish_launching() 
cmd.load('5bmy.pdb') # use the name of your pdb file 
stored.residues = [] 
cmd.iterate('name ca', 'stored.residues.append(resi)') 
numbers = [ int(x) for x in stored.residues ] 
for i in numbers: 
    print (chain[i].resname)

來源

2017-03-17 Python Noob

只是一個建議，你可能也想發佈這個biostars，他們有這種事情更積極的社區。 – nbryans

從看API（在通過命令dir(chain)什麼可供鏈），我可以看到，有一個方法get_residues()。看看其中的一個殘留物，我可以看到有一個功能get_resname()。使用這些，對你問題的一個解決方案可能是：

from Bio import * 
from Bio.PDB.PDBParser import PDBParser 
from Bio.PDB.Polypeptide import PPBuilder 
structure = PDBParser().get_structure('5bmy', '5bmy.pdb')  


model = structure[0] 
chain = model['A'] 

for i in chain.get_residues(): 
    print(i.get_resnames())

這給不需要pymol的解決方案。

來源

2017-03-22 17:06:29 nbryans

在Biopython PDB模塊中獲取殘基編號和殘基名稱

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