作爲De Novo的註釋管線的一部分魚類基因組我需要比較BLAST的e值以查看它們是否低於某個閾值。使用bash以科學計數法讀取數字
爲了得到語義正確的我第一次評估在爆炸中輸出的othet一列,並能正常工作是這樣的:
for f in FOLDER/*; do
myVar=$(head -1 $f | awk '{print $4}') ;
if [[ $myVar -gt 50 ]]; then echo ..... ;done
$ 4,然後在整個數值的BLAST輸出列(打長或某事)
然而,當我嘗試將腳本更改爲與E值的工作,有一些問題與科學記數法等的解釋......
我想是什麼這個:
for f in FOLDER/*; do
myVar=$(head -1 $f | awk '{print $11}') ;
if [[ $myVar -gt 1.0e-10 ]]; then echo ..... ;done
其中11美元指向每個命中的e值。
這可以在bash中以不麻煩的方式完成嗎?
Bash只能處理整數。切換到更強大的Perl語言。 – choroba
我很害怕那個...可能必須把它翻過來...... :)謝謝! –