Q.I有一個erdos.reyni圖。我感染一個頂點,並想看看疾病會出現什麼樣的頂點序列? igraph有像get.adjacency(),neighbors()這樣的函數。獲取鄰接矩陣的傳染鏈,r,igraph
詳情。這是帶有頂點名稱而不是0,1標誌的鄰接矩陣,我試圖從中得到傳染鏈。如果某個頂點被感染,就像通過圖形的流行病的流程/順序一樣。我們不必擔心這裏的感染概率(假設所有頂點命中都被概率1感染)。
因此,假設我點擊頂點1(這是第1行)。我們看到它有到4,5,18,22,23,24,25頂點的傳出鏈接。那麼接下來的頂點將是那些連接到4,5,18 ... 25的頂點,即那些在第4行,第5行,第18行,...第25行中的值。然後,根據該模型,疾病將穿過這些等等。
我明白我可以傳遞一個字符串來排列矩陣行。我的問題是,我無法弄清楚如何生成該序列。
矩陣看起來像這樣。
> channel
[,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7] [,8]
[1,] 4 5 18 22 23 24 25 NA
[2,] 6 10 11 18 25 NA NA NA
[3,] 7 11 18 20 NA NA NA NA
[4,] 24 NA NA NA NA NA NA NA
[5,] 1 3 9 13 14 NA NA NA
[6,] 3 8 9 14 19 23 NA NA
[7,] 3 4 8 15 20 22 NA NA
[8,] 2 3 25 NA NA NA NA NA
[9,] 3 4 11 13 20 NA NA NA
[10,] 4 5 8 15 19 20 21 22
[11,] 3 13 15 18 19 23 NA NA
[12,] 11 13 16 NA NA NA NA NA
[13,] 4 6 14 15 16 17 19 21
[14,] 2 6 13 NA NA NA NA NA
[15,] 3 17 20 NA NA NA NA NA
[16,] 6 15 18 23 NA NA NA NA
[17,] 2 25 NA NA NA NA NA NA
[18,] 2 5 NA NA NA NA NA NA
[19,] 3 11 NA NA NA NA NA NA
[20,] 1 4 7 10 12 21 22 25
[21,] 2 4 6 13 14 16 18 NA
[22,] 1 3 4 15 23 NA NA NA
[23,] 1 16 24 NA NA NA NA NA
[24,] 7 8 19 20 22 NA NA NA
[25,] 7 12 13 17 NA NA NA NA
我想基於一個選擇標準來重新排序這個矩陣如下:
R.將是最有幫助的(但我感興趣的算法中,因此任何Python和Ruby,etc.will很大)。所得到的載體將具有115的長度(8×25 = 200-85NA = 115)。看起來像這樣。基本上,如果頂點1被感染,疾病會如何傳播。
4,5,18,22,23,24,25,24,1,3,9,13,14,2,5,1,3,4,15,23,1,16,24,7,8,19,20,22,7,12,13,17,7,8,19,20,22, 4,5,18,22,23,24,25,7,11,18,20...
我知道到目前爲止什麼: 1. R的包**igraph**
它讓我算算鄰居(graph, vertex, "out")
2.同一個包還可以生成get.adjlist(graph...), get.adjacency
有趣的評論。現在你們堅持。該矩陣是具有向量名稱而不是二進制標誌的鄰接矩陣。 輸出將是流行病流模型,但它不是模擬疾病而是銀行違約! :) 至於提示......從編碼的最後2周開始,我收集了像R/java這樣的高級語言,它比C++中的舊學校字符類型更好地操縱矢量。 – user2217564 2013-03-27 22:44:19
等等,這不是基本上是通過圖形的廣度優先搜索嗎? – Marius 2013-03-27 23:38:08
查看'graph.bfs()',特別是'order'參數。 – Marius 2013-03-27 23:47:10