igraph創建加權鄰接矩陣

我試圖用igraph包繪製（稀疏）加權圖。我目前有一個鄰接矩陣，但不能讓graph.adjacency函數識別邊的權重。igraph創建加權鄰接矩陣

考慮下面的隨機對稱矩陣：

m <- read.table(row.names=1, header=TRUE, text= 
"   A   B   C   D   E   F 
A 0.00000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.05119703 1.3431599 
B 0.00000000 0.0000000 -0.6088082 0.4016954 0.00000000 0.6132168 
C 0.00000000 -0.6088082 0.0000000 0.0000000 -0.63295415 0.0000000 
D 0.00000000 0.4016954 0.0000000 0.0000000 -0.29831267 0.0000000 
E 0.05119703 0.0000000 -0.6329541 -0.2983127 0.00000000 0.1562458 
F 1.34315990 0.6132168 0.0000000 0.0000000 0.15624584 0.0000000") 
m <- as.matrix(m)

要繪製，首先我必須得到這個鄰接矩陣到適當的igraph格式。這應該是相對簡單的graph.adjacency。根據我的graph.adjacency文檔的閱讀，我應該做到以下幾點：

library(igraph) 
ig <- graph.adjacency(m, mode="undirected", weighted=TRUE)

但是，它不承認邊權：

str(ig) 
# IGRAPH UNW- 6 8 -- 
# + attr: name (v/c), weight (e/n) 
# + edges (vertex names): 
# [1] A--E A--F B--C B--D B--F C--E D--E E--F 
plot(ig)

enter image description here

如何獲得igraph識別邊緣權重？

來源

2014-01-23 Scott Ritchie

這似乎並不成爲問題，但請注意，您在上面打印的矩陣不是對稱的。（嘗試'isSymmetric（m）'，然後比較'm [5,3]'和'm [3,5]'的值。） –

@ JoshO'Brien，它似乎是一個簡單的複製和粘貼錯誤，A和E列中的數字有8個小數位，而其餘的有7個。除此之外它是對稱的：'isSymmetric（round（m，6））== TRUE'。有趣的是，'igraph'保留了小數位數最多的版本，並且在數字末尾加上了小數點後7位的差異時加上了0。 – TWL

權重在那裏，'weight（e/n）'意味着有一個稱爲'weight'的邊緣屬性，它是數字。請參閱'？print.igraph'。但是它們不是默認繪製的，你需要將它們添加爲'edge.label'。 –

權重在那裏，weight (e/n)意味着有一個稱爲weight的邊緣屬性，它是數字。見?print.igraph。但是它們不是默認繪製的，你需要將它們添加爲edge.label。

plot(ig, edge.label=round(E(ig)$weight, 3))

graph plot screenshot

爲繪製，請務必閱讀?igraph.plotting。

來源

2014-01-23 14:40:15

可以與E(ig)$weight提取邊緣的權重，並將其分配到在繪圖功能的edge.width參數：

plot(ig, edge.width=E(ig)$weight)

參見?igraph.plotting [link]以供參考。

另請注意，在本例中，權重將對應於邊緣的寬度，因此它們應該是>= 0。

來源

2014-01-23 07:23:29 TWL

邊緣權重可以是負值，AFAIK沒有任何問題。 –

@GaborCsardi，我並不是說邊緣權重不能是負數。在我的答案中，他們應該積極地被視爲**邊緣寬度**。因此，我發現-1票有點倉促。儘管如此，爲了避免混淆，我編輯了答案。 – TWL

我明白了，對不起，誤會了。 –

儘管我喜歡igraph，但我發現qgraph軟件包更容易繪製加權網絡。

使用鄰接矩陣，您也可以使用qgraph庫中的qgraph()來繪製它。它會自動將負邊緣顏色變爲紅色，正邊緣變成綠色。

install.packages('qgraph') 
require(qgraph) 
qgraph(m) 
qgraph(m,edge.labels=TRUE) #if you want the weights on the edges as well

qgraph建立在igraph上，但只是爲你做了一切。

來源

2014-01-23 15:05:38

供參考：你**可以**在igraph有負邊緣。另外，'qgraph'只是調用'igraph' AFAIK。 –

我意識到qgraph調用igraph。用它來繪製加權網絡更容易，因爲它在後臺爲你做了一切。 –

當然，我同意這很有用。 -1是因爲你暗示igraph無法處理消極的邊緣，這是錯誤的信息。我編輯的 –

@ TWL的解決方案可以很容易地推廣，以表示邊的寬度作爲權重的函數，包括負權重。訣竅是通過將最小權重值（可選地代表最小權重寬度的偏移量）相加來轉換所有權重。例如：

# reproducible example: 
set.seed(12345) 
a <- matrix(runif(5*5, min=-10, max=10), ncol=5) 
diag(a) <- 0 # remove loops. 
>a 
      [,1]  [,2]  [,3]  [,4]  [,5] 
[1,] 0.0000000 -6.6725643 -9.309291 -0.7501069 -0.9254385 
[2,] 7.5154639 0.0000000 -6.952530 -2.2371204 -3.4649518 
[3,] 5.2196466 0.1844867 0.000000 -1.9502972 9.3083065 
[4,] 7.7224913 4.5541051 -9.977268 0.0000000 4.1496375 
[5,] -0.8703808 9.7947388 -2.175933 9.0331751 0.0000000 

# create igraph object. 
g <- graph.adjacency(a, mode="undirected", weighted=TRUE) 
plot(g) 

# assign edge's width as a function of weights. 
E(g)$width <- E(g)$weight + min(E(g)$weight) + 1 # offset=1 
plot(g)

enter image description here

來源

2014-11-07 03:32:04 ddiez

igraph創建加權鄰接矩陣

回答

相關問題