重複在多個元素的函數

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import sys 
file = open(sys.argv[1], 'r') 
string = '' 
for line in file: 
    if line.startswith(">"): 
     pass 
    else: 
     string = string + line.strip() 
#print (list(string)) 
w = input("Please enter window size:") 
test = [string[i:i+w] for i in range (0,len(string),w)] 
seq = input("Please enter the number of sequences you wish to read:") 
#print (test[0:seq])

它會產生看起來像這 -

['TAAAACACCC', 'TCAATTCAAG', 'GGTTTTTGAG', 'CGAGCTTTTT', 'ACTCAAAGAA', 'TCCAAGATAG', 'CGTTTAAAAA', 'TTTAGGGGTG', 'TTAGGCTCAG', 'CATAGAGTTT']

現在，下一步就是讀取一個列表的列表在列表的每個元素中出現GC（或可以是CG）的字母。有通過列表以這樣的方式，輸出文件看起來像一個地遍歷：

Segment 1- The %GC is <the calculated number> 
Segment 2- The %GC is <the calculated number> 
Segment 3- The %GC is <the calculated number>

由於文件是wayy到大，段的數量i（列表等'TAAGATATA'的每個單獨的元件）將越來越巨大我不知道如何獲得輸出文件中的段的數字（1,2,3 ...）。另外，因爲我是python（和編程）的新手，我不太擅長使用函數。

來源

2013-01-22 begin.py

向我們展示您迄今爲止編寫的代碼，兄弟 –

我不明白這個問題 - 您能給出一個更明確的例子，在這種情況下什麼是Segments？ –

@ TheodrosZelleke-它的一個生物程序。將花費很多時間來解釋，而且是不必要的。我想要的是循環遍歷文件，以便我可以得到段（list = segemnt的每個元素）編號及其相應的GC％（我可以小心） –

我不確定你在問什麼。

inp = ['TAAAACACCC', 'TCAATTCAAG', 'GGTTTTTGAG', 'CGAGCTTTTT', 'ACTCAAAGAA', 'TCCAAGATAG', 'CGTTTAAAAA', 'TTTAGGGGTG', 'TTAGGCTCAG', 'CATAGAGTTT'] 

for i, segment in enumerate(inp): 
    print "Segment {} - The %GC is {}".format(i, segment.count("GC"))

給

Segment 0 - The %GC is 0 
Segment 1 - The %GC is 0 
Segment 2 - The %GC is 0 
Segment 3 - The %GC is 1 
Segment 4 - The %GC is 0 
Segment 5 - The %GC is 0 
Segment 6 - The %GC is 0 
Segment 7 - The %GC is 0 
Segment 8 - The %GC is 1 
Segment 9 - The %GC is 0

來源

2013-01-22 17:32:32 katrielalex

i我正在使用python 2.7。它沒有格式功能，我想。 –

就像我，並且有（這是一個字符串的實例方法）。 – katrielalex

你可以嘗試在Python中map功能。 http://docs.python.org/3.1/library/functions.html#map提供了它的一般用法，但這裏是一個使用Python3的例子。

def func1(myObject): 
    '''Trivial example function''' 
    return myObject * 2 
myList = [1,2,3] 
myMap = map(func1,myList) 
print(list(myMap))

地圖在一個可迭代（例如列表，字符串等）執行的每個項目的方法和每個方法的執行結果放置到地圖，然後可將其打印出來作爲一個列表或遍歷等一個列表。

如果你想讓你的myObject成爲一個列表本身，那就不應該是一個問題，只要你相應地使用它。

這是回答您的問題嗎？

來源

2013-01-22 17:44:00 jheld

重複在多個元素的函數

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