CRAN包取決於Bioconductor包安裝錯誤

我管理說明文件的建議和導入。最後我將我的包裹提交給CRAN。但是在安裝該封裝時，它僅安裝CRAN保存的封裝，不適用於bioconductor封裝。此外，它對Mac OS有一個程序包依賴關係錯誤： check log for Mac OS CRAN包取決於Bioconductor包安裝錯誤

可能是什麼問題？我該如何修復它？

親切的問候，

來源

2013-01-15 Mikael

在Rd（r-devel郵件列表）上這似乎更合適。 –

我在此恭敬地不同意@DWin;如果在CRAN上出現錯誤，則此類討論不屬於此類，最終會被忽略。 CRAN有自己的電子郵件地址。 –

@GavinSimpson CRAN俱樂部的第一條規則是你不能談論CRAN俱樂部。 – hadley

沒有機制，install.packages()可以從Bioconductor的默認R中默認安裝（ ~~至少不，我沒有檢查是否有BIOC回購基礎設施，允許它好象叫正確地~~ ）。 [見從馬丁摩根（下面），其中指令可以如何配置ř以便install.packages()可以從Bioconductor的倉庫安裝中找到的註釋。]

要安裝Bioconductor的包一個照常：

source("http://bioconductor.org/biocLite.R") 
biocLite("limma")

需要獨立完成install.packages()。

Mac OS X檢查錯誤可能是該特定服務器上的配置錯誤。正如@DWin所說的，你應該把它與CRAN結合起來，以解決特定問題的根源。據我所知，CRAN應該安裝所有的Bioconductor軟件包。

來源

2013-01-15 19:25:35

參見'setRepositories'以標準方式選擇Bioconductor存儲庫（然後選擇'install.packages'工作）或'install.packages（...，repos = biocinstallRepos（））'在上面的'source'行之後安裝Bioconductor軟件包，或者使用'biocLite（「foo」）'從CRAN（實際上是'getOption（「repos」）'）或Bioconductor安裝'foo'。 –

你會認爲CRAN能夠自動獲取並安裝這些軟件包。從用戶的角度來看（特別是那些不完全熟悉R的人），不得不單獨安裝Bioconductor軟件包是間接和混亂的。爲什麼沒有解決方案？ – by0

就R 3.0.2，以下工作：

setRepositories(ind=1:2)

在撰寫本文時，值ind可以採取與載體1和8，以及下列含義之間的值：

1: CRAN 
2: BioC software 
3: BioC annotation 
4: BioC experiment 
5: BioC extra 
6: Omegahat 
7: R-Forge 
8: rforge.net

該列表通過調用setRepositories(graphics=F)獲得，該列表還允許以交互方式選擇要從中安裝的存儲庫。

來源

2013-12-09 19:42:19 krlmlr

這是沒有記錄的任何地方，但訣竅是你在你的DESCRIPTION文件中添加一行說biocViews:（是的，它以冒號結尾，然後不需要列出任何東西，你可以保持空白）。然後R將知道檢查bioconductor存儲庫的包裝要求。

來源

2016-07-25 21:10:58

CRAN包取決於Bioconductor包安裝錯誤

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