正確利用Matlab分水嶺算法來分割細胞

Question

我碰到一噸試圖讓分水嶺算法正常工作在我的圖像的麻煩。在線上的各種教程中，他們似乎總是使用同樣複雜/模糊的圖像，所以我不確定我的問題。我已經在這方面做了幾個有點點的帖子，但是想真正地澄清並提出一般問題。這就是說，我使用的相似圖片：

然而，當我嘗試應用的分水嶺算法之一：

imshow(RGB,[]); 

gray_img = rgb2gray(RGB); 
tophat_filter = imtophat(gray_img, strel('disk', 10)); %Read into this 

level = graythresh(tophat_filter); 
BW = im2bw(tophat_filter,level); 
imshow(BW) 

BW = bwdist(BW) <= 3; 

imshow(BW) 
bgn_remove = bwareaopen(BW,8); %remove background noise 

D = -bwdist(~bgn_remove); %Read into this 
D(~BW) = -Inf; 
L = watershed(D); 

figure; 
imshow(L,[]); 
figure; 
imshow(label2rgb(L)) 
clean_img = im2bw(L,0.001); 

figure; 
imshow(clean_img,[]); 

它似乎永遠不會工作。無論出於何種原因，它決定了每個單元由一堆規模較小的：

我試圖通過與BW = bwdist(BW) <= 3;結塊的segmeneted組件來解決這個問題，使圖像不AS支離破碎：

如在第一圖像中顯示有應該是3個細胞，並且在不分水嶺識別關於左兩個截然不同的細胞它註冊多個比它應該（即使結塊之後）。 我已經嘗試過的所有事情都沒有取得太大的進展，所以任何幫助或建議都會非常感激。

通過全流域程序去後，我結束了最大值，如：

Answer 1

你必須使用分水嶺種子/受限/標記。如果您使用經典（不再使用）的分水嶺，則會面臨過度分割。

在你的情況，我會做這個經典方法段使用分水嶺細胞：

1. 小閉幕，以減少噪音。
2. （可選）小開口來調整細胞邊緣。
3. 侵蝕。侵蝕的結果是你的內在標誌。
4. 膨脹。擴張的結果是你的外在標誌。
5. 步驟1後產生的圖像的梯度（如果您做了，則爲2）。
6. 流域中的梯度圖像（步驟5）上，使用標記（步驟3和4）。

但是在你的情況下，如果這樣定義良好的單元格，我會簡單地執行第1步和第2步，然後是高頂禮帽。它將會同樣有效並且更快。