matlab中的分水嶺算法

Question

任何人都知道如何在matlab中編寫函數來細分細胞並使用watershed algorithm來計算平均細胞面積 ？ 任何幫助將不勝感激。謝謝！

這裏是酵母細胞

Answer 1

以下是使用分水嶺分割圖像的一種方法。你還可以做更多的事情（例如，如果還沒有完成胞質分裂，將兩個細胞核融合在一起），但下面的步驟應該給你一個第一個想法。

（1）確定細胞背景的閾值，細胞核閾

%# read image 
img = imread('http://i.stack.imgur.com/nFDkX.png'); 
%# normalize to 0...1 
imgN = double(img-min(img(:)))/(max(img(:)-min(img(:)))); 
th1=graythresh(imgN); 
th2 = graythresh(imgN(imgN>th1)); 

cellMsk = imgN>th1; 
nucMsk = imgN>th2; 

figure,imshow(cellMsk+nucMsk,[]) 

（2）平滑原始圖像（以避免oversegmentation），並處細胞核作爲最小值

[xx,yy]=ndgrid(-5:5,-5:5); 
gf = exp((-xx.^2-yy.^2)/20); 
filtImg = conv2(imgN,gf,'same'); 

figure,imshow(filtImg,[]) 

filtImgM = imimposemin(-filtImg,nucMsk); 

（3）流域，掩模細胞，並顯示

ws = watershed(filtImgM); 
ws(~cellMsk) = 0; 

lblImg = bwlabel(ws); 

figure,imshow(label2rgb(lblImg,'jet','k','shuffle')); 

（4）現在可以使用REGIONPROPS標記圖像上，以提取所需的統計信息。

Answer 2

查看圖像處理工具箱watershed和this post對細胞分割上的「史蒂夫對圖像處理的博客的圖像。