如何刪除含有缺失值線

我有46列（4 + 42）和52萬行像一個文件：如何刪除含有缺失值線

chr1 rs423246 102 120543 0 2 2 1 1 0 . . . -1 2 2 0 0 . . . . . 2 1 1 -1 -1 
chr1 rs245622 104 134506 2 2 2 1 0 0 0 2 2 2 -1 -1 . . . 2 2 1 1 1 1 1 1 . 2 
chr1 rs267845 105 124564 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 
chr1 rs234579 106 125642 2 2 2 1 0 0 0 -1 -1 -1 1 0 0 2 1 0 . . . 2 . . 2 1 0

我想刪除已經針對所有42缺失值只有線列。我的缺失值是「。」（例如上面例子中的第3行應該被刪除）我如何使用Unix中的命令（比如BWK SED或其他）刪除這些行。感謝您的任何幫助和建議。

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2013-09-23 Maher

grep -Ev '\. \. \. \. \. \. \. \. \. \. \. \. \. \. \. \. \. \. \. \. \. \. \. \. \. \. \. \. \. \. \. \. \. \. \. \. \. \. \. \. \. \.' yourfile

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2013-09-23 22:13:06 John

等一下，是不是在這裏匹配任何字符？您可能需要添加42個斜線！ –

不是最可讀，但嘿！其perl：

perl -ane 'print unless q|.| x 42 eq join q||, @F[4..$#F]' infile

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2013-09-23 22:15:37 Birei

~~sed的 '/ {26}/d（。）' 文件名~~

編輯：

糾錯：

sed '/\(\.\)\{42\}/d' filename

或首4後列的可變數目：

sed '/^\([^ ]* \)\{4\}\(\. \)*\./d' filename

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2013-09-23 22:19:34 Beta

你的命令有效，但你能解釋一下爲什麼你選擇了26.當我從原始文件中刪除40行（38行缺少）並使用你的命令時，它只保留1行輸出並刪除其他人，儘管我有2行。請幫忙！謝謝 – Maher

@Maher：我看到了問題。在你的例子中，這些行被截斷;第3行以26點結束。我忽略了你的描述（「4 + 42」），贊成這個例子。我會糾正我的答案。 – Beta

-1

一些awk verison

awk '{a=$0} gsub(/\./,x)!=42 {print a}' file

這將打印不具有42所有線。使用gsub來計算它們。

awk -F\. NF!=43 file

這個計數使用的字段數。作爲分隔符。（這就是爲什麼43，而不是42）

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2013-09-24 07:05:38 Jotne

如果前三列中有一個點，而最後42列中有一個點，則這兩個命令都將刪除該行... – chickegg

如果數據一致，它將起作用，但您是正確的。 – Jotne

這可能會爲你工作（GNU SED）：

sed -r '/(\.\s*){42}$/d' /file

或

sed 's/\./&/42;T;d' file

注：最有效的可能是第一個解決方案。

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2013-09-24 12:30:17 potong

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