R中Cox模型的似然比檢驗

Question

有人知道似然比檢驗，如lmtest包中的lrtest，它適用於使用coxph產生的cox比例風險模型嗎？ lrtest似乎不適用於coxph模型。

感謝

Answer 1

LR-測試默認情況下，從THR生存包退換由coxph()（見最後一行）：

require(survival) 
test1 <- list(time=c(4,3,1,1,2,2,3), 
       status=c(1,1,1,0,1,1,0), 
       x=c(0,2,1,1,1,0,0), 
       sex=c(0,0,0,0,1,1,1)) 
# Fit a stratified model 
coxph(Surv(time, status) ~ x + strata(sex), test1) 

Call: 
coxph(formula = Surv(time, status) ~ x + strata(sex), data = test1) 


    coef exp(coef) se(coef)  z p 
x 0.802  2.23 0.822 0.976 0.33 

Likelihood ratio test=1.09 on 1 df, p=0.297 n= 7, number of events= 5 

Answer 2

有在pkg一個anova.coxph：生存，讓模型對象的比較。

fit <- coxph(Surv(futime, fustat) ~ resid.ds *rx + ecog.ps, data = ovarian) 
fit2 <- coxph(Surv(futime, fustat) ~ resid.ds +rx + ecog.ps, data=ovarian) 
anova(fit2,fit) 

Analysis of Deviance Table 
Cox model: response is Surv(futime, fustat) 
Model 1: ~ resid.ds + rx + ecog.ps 
Model 2: ~ resid.ds * rx + ecog.ps 
    loglik Chisq Df P(>|Chi|) 
1 -31.970      
2 -30.946 2.0469 1 0.1525 

這是一個LR測試。