相關Corrplot配置

Question

我R中的腳本新手:-)

我需要建立一個相關矩陣和我'嘗試正在使用corrplot包configurate一些參數，以適應graph.I。

我建了一個corrplot矩陣是這樣的：

corrplot(cor(d1[,2:14], d1[,2:14]), method=c("color"), 
     bg = "white", addgrid.col = "gray50", 
     tl.cex=1, type="lower", tl.col = "black", 
     col = colorRampPalette(c("red","white","blue"))(100)) 

我需要表現出較低的相關性矩陣的值..我建立的顏色矩陣內。我該怎麼做？

是否有可能排除低矩陣的主對角線？在這個diagonla總是我們有完美的相關:-)

另一個疑問..我想顯示使用星號，而不是正方形的相關性的重要價值。喜歡 （*， ， *）。可能嗎？

你能幫助我的傢伙？

Answer 1

隨着一些hackery，你可以做一個非常類似的R包，corrgram。這個可以讓你輕鬆定義你自己的面板功能，並且有助於他們很容易地將它們看作模板。下面是一些代碼和數字產生：

set.seed(42) 
library(corrgram) 

# This panel adds significance starts, or NS for not significant 
panel.signif <- function (x, y, corr = NULL, col.regions, digits = 2, cex.cor, 
          ...) { 
    usr <- par("usr") 
    on.exit(par(usr)) 
    par(usr = c(0, 1, 0, 1)) 
    results <- cor.test(x, y, alternative = "two.sided") 
    est <- results$p.value 
    stars <- ifelse(est < 5e-4, "***", 
        ifelse(est < 5e-3, "**", 
         ifelse(est < 5e-2, "*", "NS"))) 
    cex.cor <- 0.4/strwidth(stars) 
    text(0.5, 0.5, stars, cex = cex.cor) 
} 

# This panel combines edits the "shade" panel from the package 
# to overlay the correlation value as requested 
panel.shadeNtext <- function (x, y, corr = NULL, col.regions, ...) 
{ 
    if (is.null(corr)) 
    corr <- cor(x, y, use = "pair") 
    ncol <- 14 
    pal <- col.regions(ncol) 
    col.ind <- as.numeric(cut(corr, breaks = seq(from = -1, to = 1, 
               length = ncol + 1), include.lowest = TRUE)) 
    usr <- par("usr") 
    rect(usr[1], usr[3], usr[2], usr[4], col = pal[col.ind], 
     border = NA) 
    box(col = "lightgray") 
    on.exit(par(usr)) 
    par(usr = c(0, 1, 0, 1)) 
    r <- formatC(corr, digits = 2, format = "f") 
    cex.cor <- .8/strwidth("-X.xx") 
    text(0.5, 0.5, r, cex = cex.cor) 
} 

# Generate some sample data 
sample.data <- matrix(rnorm(100), ncol=10) 

# Call the corrgram function with the new panel functions 
# NB: call on the data, not the correlation matrix 
corrgram(sample.data, type="data", lower.panel=panel.shadeNtext, 
     upper.panel=panel.signif) 

的代碼是不是很乾淨，因爲它主要是從包中拼湊起來的功能，但它應該給你一個良好的開端，以獲得劇情你要。可能你也可以採用類似corrplot的方法。

更新：這裏的星星和肺心病在同一個三角形的一個版本：

panel.shadeNtext <- function (x, y, corr = NULL, col.regions, ...) 
{ 
    corr <- cor(x, y, use = "pair") 
    results <- cor.test(x, y, alternative = "two.sided") 
    est <- results$p.value 
    stars <- ifelse(est < 5e-4, "***", 
        ifelse(est < 5e-3, "**", 
         ifelse(est < 5e-2, "*", ""))) 
    ncol <- 14 
    pal <- col.regions(ncol) 
    col.ind <- as.numeric(cut(corr, breaks = seq(from = -1, to = 1, 
               length = ncol + 1), include.lowest = TRUE)) 
    usr <- par("usr") 
    rect(usr[1], usr[3], usr[2], usr[4], col = pal[col.ind], 
     border = NA) 
    box(col = "lightgray") 
    on.exit(par(usr)) 
    par(usr = c(0, 1, 0, 1)) 
    r <- formatC(corr, digits = 2, format = "f") 
    cex.cor <- .8/strwidth("-X.xx") 
    fonts <- ifelse(stars != "", 2,1) 
    # option 1: stars: 
    text(0.5, 0.4, paste0(r,"\n", stars), cex = cex.cor) 
    # option 2: bolding: 
    #text(0.5, 0.5, r, cex = cex.cor, font=fonts) 
} 

# Generate some sample data 
sample.data <- matrix(rnorm(100), ncol=10) 

# Call the corrgram function with the new panel functions 
# NB: call on the data, not the correlation matrix 
corrgram(sample.data, type="data", lower.panel=panel.shadeNtext, 
     upper.panel=NULL) 

而且註釋掉正顯示出顯着的另一種方式，它會大膽那些低於閾值而不是使用星星。可能會更清楚，取決於你想表現的東西。