運行BLAST與BioPython

2009-11-03 62 views 0 likes

查詢我想運行BLAST與BioPython

BLAST幾個序列
檢索每個查詢
池前100命中左右的下載序列
刪除重複

我如何在BioPython中做到這一點？

來源

2009-11-03 Jon

回答

當然可以 - the tutorial解釋如何在本地運行BLAST和NCBI以及如何解析結果。我將離開實際的實施作爲一個練習給你！

來源

2009-11-03 22:27:14

好謝謝。你也知道爲什麼我不能從python2.6的Bio中導入python2.5嗎？ – Jon 2009-11-03 22:40:30

爲什麼你不打開另一個問題呢？ p.s.如果你認爲這是正確的，你應該接受大衛的答案。 – dalloliogm 2010-01-26 12:51:13

from Bio.Blast import NCBIWWW 
    fasta_string = open("myfasta").read() 
    result_handle = NCBIWWW.qblast("blastn", "nt", fasta_string) 
    print result_handle.read()

以上myfasta是設置了互聯網BLAST您的自定義序列文件

您可以result_handle使用NCBIXML後發揮你希望（即獲得前100名，刪除重複）

來源

2015-06-06 07:29:23

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