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當然可以 - the tutorial解釋如何在本地運行BLAST和NCBI以及如何解析結果。我將離開實際的實施作爲一個練習給你！
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from Bio.Blast import NCBIWWW
fasta_string = open("myfasta").read()
result_handle = NCBIWWW.qblast("blastn", "nt", fasta_string)
print result_handle.read()
以上myfasta是設置了互聯網BLAST您的自定義序列文件
您可以result_handle使用NCBIXML後發揮你希望（即獲得前100名，刪除重複）
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好謝謝。你也知道爲什麼我不能從python2.6的Bio中導入python2.5嗎？ – Jon 2009-11-03 22:40:30
爲什麼你不打開另一個問題呢？ p.s.如果你認爲這是正確的，你應該接受大衛的答案。 – dalloliogm 2010-01-26 12:51:13