在R doParallel'foreach'中找不到函數 - {：任務1失敗 - 「找不到函數」光柵「」

Question

中的錯誤我想第一次在我的機構中使用高性能羣集，一個我無法解決的問題。

下面的代碼返回一個錯誤：

ptime<-system.time({ 
    r <- foreach(z = 1:length(files),.combine=cbind) %dopar% { 
    raster <- raster(paste(folder,files[1],sep="")) 
    data<-getValues(raster) 
    clp <- na.omit(data) 
    for(i in 1:length(classes)){ 
     results[i,z]<-length(clp[clp==classes[i]])/length(clp) 
     print(z) 
    } 
    } 
}) 

Error in { : task 1 failed - "could not find function "raster"" 

A也嘗試了不同的foreach代碼執行另一項任務，我有：

r <- foreach (i=1:length(poly)) %dopar% { 
    clip<-gIntersection(paths,poly[i,]) 
    lgth<-gLength(clip) 
    vid<-poly@data[i,3] 
    path.lgth[i,] <- c(vid,lgth) 
    print(i) 
} 

這個時候gIntersection功能是找不到的。很顯然，這些軟件包都已安裝並加載。看過一些論壇帖子後，它似乎與功能執行/運行的環境有關。

有人可以幫忙嗎？我不是程序員！

謝謝！

更新：

我已經調整了我的代碼所提供的解決方案：

results<-matrix(nrow=length(classes),ncol=length(files)) 
dimnames(results)[[1]]<-classes 
dimnames(results)[[2]]<-files 

ptime<-system.time({ 
    foreach(z = 1:length(files),.packages="raster") %dopar% { 
    raster <- raster(paste(folder,files[z],sep="")) 
    data<-getValues(raster) 
    clp <- na.omit(data) 
    for(i in 1:length(classes)){ 
     results[i,z]<-length(clp[clp==classes[i]])/length(clp) 
     print(z) 
    } 
    } 
}) 

但我得到的是充滿了NA的輸出（我的結果矩陣）。正如你所看到的，我創建了一個稱爲結果的矩陣對象來填充結果（它適用於for循環），但是在閱讀foreach的文檔之後，似乎用這個函數保存了不同的結果。

有關我應該爲.combine參數選擇什麼的建議？

Answer 1

在vignette of foreach和foreach的幫助頁面中，必要時指出參數.packages用於提供何時使用並行計算和未默認加載的函數。所以，你的第一個例子的代碼應該是：

ptime<-system.time({ 
    r <- foreach(z = 1:length(files), 
       .combine=cbind, 
       .packages='raster') %dopar% { 
     # some code 
     # and more code 
    } 
}) 

---

一些更多的解釋

的foreach包做了很多建立在幕後的。什麼情況是以下（原則上，技術細節稍微更復雜）：

• foreach樹立「工人」，你可以看到每一個都致力於爲不同的核心作爲單獨的R會話的系統在一個集羣中。

• 需要被執行被加載到每個「工人」會話，以進行功能

• 每個工人所需的對象組合在一起的函數計算結果的數據的子集

• 將不同工人的計算結果放在一起並在「主」R會話中報告。

由於工作人員可以看作是單獨的R會話，所以「主」會話中的包不會自動加載。您必須指定應在哪些工作程序會話中加載哪些程序包，這就是foreach的參數.package的用途。

---

注意，當你使用其他包（例如parallel或snowfall），你必須明確地設置了這些工人，並採取傳遞對象和裝載包的工人會話的照顧。