在R包中找不到函數？

我一直在使用minfi R包。當我與另一臺計算機一起工作時，所有功能都可以正常工作。我在我自己的筆記本電腦中安裝了minfi 2天。大多數功能工作正常，但是當我使用具有功能preprocessSWAN()的命令時，我得到的錯誤在R包中找不到函數？

Error: could not find function ¨proprocessSWAN¨

我得到這個錯誤每次我只用此功能工作，在運行我分析的中間。

我也曾嘗試重新安裝minfi以查看安裝過程中是否出現問題。但即使重新安裝後，我也發現了同樣的問題。這個功能在我的Windows和其他電腦上都能正常工作。

誰能告訴我爲什麼我在我的Ubuntu上有這個問題？我該怎麼做才能使它工作？

來源

2012-09-19 Letin

這不是一個錯字嗎？它在你的問題中第二次說「proprocess」。如果不嘗試getFromNamespace（「preprocessSWAN」，「minfi」）'。它幾乎不可能從包中被刪除，但具有這樣一個特定的名稱，它不可能被另一種方法覆蓋。 – Backlin

@Backlin：這肯定不是一個錯字。我在這裏錯誤地鍵入了'pro'，但是我在R中查了幾次。我也嘗試了getFromNamespace（「preprocessSWAN」，「minfi」），但它說錯誤在get（x，envir = ns，inherits = FALSE）中： object'preprocessSWAN'not found – Letin

我會建議檢查你在每臺機器上有相同的版本。看包NEWS，建議preprocessSWAN()是相當新的。所以，看看：

library(minfi) 
packageVersion("minfi")

在您擁有的每臺機器上。我意識到你更新了你的軟件包，但是你真的需要檢查你的所有bioconductor軟件包是否是最新的。所以，試試這樣的：

url='http://bioconductor.org/biocLite.R' 
source(url) 
update.packages(repos=biocinstallRepos())

此外，你是否運行相同版本的R？在兩臺機器上輸入version。要獲得相同的bioconductor版本，你會（我認爲）需要相同版本的R.因此，你可能需要升級R.

來源

2012-09-19 13:28:27 csgillespie

非常感謝您的幫助@csgillespie。我正在努力升級R.並且很抱歉將它作爲答案發布。 – Letin

在R包中找不到函數？

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