繪製從直角座標系的彩色球在PyMOL的

Question

我一直在尋找在維基如何對珠以下信息轉換，笛卡爾座標+能量：

23.4 54.6 12.3 54.5 -123.5 9.45 23.1 .... -56.7 ...

在pymol中繪製，其中包含每個原子的半徑爲R的球體，以其座標爲中心，顏色爲彩虹梯度。

感謝

Answer 1

是否你實際上呈現什麼有什麼用分子結構（即什麼是使用PyMOL的動機）？

如果您正在繪製某些分子結構，我建議您只需輸出一個帶有球座標的自定義PDB文件（您可以使用每個ATOM線的B因子字段作爲控制PyMol中每原子着色的方式）。

如果您沒有繪製分子結構，您最好使用PyMol的CGO界面。

從PYMOL文檔：

CGO球體由 SPHERE命令生成。

SPHERE，X，Y，Z，d

其中x，y，z是所述 球體中心的座標和d是 球體直徑。請注意COLOR命令 如何用於設置球體的顏色。 與LINES一樣，當要繪製的下一個球體的顏色改變時，您只需要一個COLOR 命令。

一個簡單的例子：

from pymol.cgo import * 
from pymol import cmd 

spherelist = [ 
    COLOR, 0.100, 1.000, 0.000, 
    SPHERE, 30.304, 30.407, 30.531,0.30, 
    COLOR, 1.000, 0.000, 0.000, 
    SPHERE, 30.250, 30.250, 30.250,0.20, 
    ] 

cmd.load_cgo(spherelist, 'segment', 1)