如何在pymol中定義座標系？

我想知道pymol中某些原子的位置矢量。我可以計算距離，但我需要位置矢量。我怎樣才能得到關於一些定義座標系的原子座標？如何在pymol中定義座標系？

假設有兩個原子。我怎樣才能得到這兩個原子的座標（x，y，z）？必須有一個參考框架來計算相對於它的這些座標。 pymol中的參考框架是什麼？

2015-11-17 MOON

什麼文件格式？由於'pdb'文件很大程度上由座標組成，無論您是使用不同的文件類型，還是我不明白您的問題。 –

我對pymol完全陌生。文件格式是'pdb'。我怎樣才能得到這些座標？起源在哪裏？ – MOON

我沒有用pymol做很多事情，除了幾次使用它來生成很酷的圖片，但是我去年春天爲一門課程做了一個項目來從pdb文件生成蛋白質接觸圖，並發現編寫Python函數來提取相當容易我需要的文件數據。請參閱以下說明：https：//en.wikipedia.org/wiki/Protein_Data_Bank_(file_format）。另一方面，如果pymol沒有一些內置的解析工具，我會感到驚訝，所以我會在你自己解析之前多探索一下幫助。 –

這是一個簡單的Python函數，用於從pdb文件中提取數據。它返回字典詞典的字典。外字典由型號鍵控和內字典由原子數在模型方向性的，然後，每行被讀入由感興趣的相應原子的記錄的字段鍵控詞典：

def parsePDB(fname): 
    f = open(fname) 
    lines = f.read().split('\n') 
    f.close() 

    modelNum = 1 
    multiModel = False 
    d = {1:{}} 
    for line in lines: 
     fields = line.split() 
     record = fields[0] if len(fields)> 0 else '' 
     if record == "MODEL": 
      if multiModel: 
       modelNum += 1 
       d[modelNum] = {} 
      else: 
       multiModel = True 
     elif record == "ATOM": 
      num = int(fields[1]) 
      atomDict = {} 
      atomDict["atom"] = fields[2] 
      atomDict["amino"] = fields[3] 
      atomDict["chain"] = fields[4] 
      atomDict["residue"] = int(fields[5]) 
      atomDict["xyz"] = (float(fields[6]),float(fields[7]),float(fields[8])) 
      d[modelNum][num] = atomDict 
    return d

一些測試代碼：

d = parsePDB("2HIU.pdb") 
atom = d[3][358] 
print("atom",358,"of model",3,"is the",atom["atom"], "atom of a", atom["amino"],"amino acid") 
print("It is located on residue", atom["residue"], "of chain",atom["chain"]) 
print("Its coordinates are", atom["xyz"])

輸出：

atom 358 of model 3 is the OD1 atom of a ASN amino acid 
It is located on residue 3 of chain B 
Its coordinates are (13.093, 5.012, -5.549)

這是從文件2HIU.pdb。從測試代碼中使用的文件中的行看起來像：

ATOM 358 OD1 ASN B 3  6.882 2.397 -4.401 1.00 0.00   O

下面是對應的最裏面的字典的樣子：

>>> d[3][358] 
{'atom': 'OD1', 'chain': 'B', 'amino': 'ASN', 'residue': 3, 'xyz': (13.093, 5.012, -5.549)}

有兩種併發症要記住：

1）並非所有這些文件都有多個模型。事實上，大多數不會，並且缺少開始MODEL的行。如果len(d)是1，那麼文件中只有一個模型。

2）HETATM記錄對應的原子不是蛋白質本身的一部分，但與它有某種聯繫。我完全忽略了這些。您的目的可能需要您使用它們 - 在這種情況下，您需要調整代碼。

來源

2015-11-19 02:22:59

如何在pymol中定義座標系？

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