Golub白血病數據集：Affy ID到HUGO符號（或其他）

Question

我有麻煩將Affy ID轉換爲一些其他標準符號作進一步處理： 我正在使用的數據是白血病數據集（Golub et al。 ，1999）。 我使用從Bioconductor項目檢索到的golubEsets數據集。

我想這個教程（http://faculty.washington.edu/kenrice/sisg/sisg-sea09-09.pdf） 與

# library for annotation 
library("annotate") 
library("hgu95av2.db") 
library("GO.db") 
#library for golub data set 
library(golubEsets) 
data(Golub_Merge) 
geneids <- featureNames(Golub_Merge) 
# retrieve something usefull (e.g. gene name) 
mget(geneids, hgu95av2GENENAME) 

這將產生許多錯誤，因爲大部分的數據庫中找不到Golub數據集中的Affy ID。特別是對於這個數據集，我在哪裏可以找到一些標準符號（HUGO？） - 因爲我需要它們進行進一步的分析。

謝謝！

Answer 1

Golub數據集不是從hgu95av2 affymetrix芯片生成的。它使用了舊版的hu6800。

在R命令行中輸入剛剛Golub_Merge會給你的摘要信息，並列出注釋字段「註釋：HU6800」

正確的註釋庫見http://bioconductor.org/packages/2.6/data/annotation/html/hu6800.db.html。