網絡中的計數週期

Question

什麼是最好的方式，或者有什麼辦法可以在網絡中計數3和4週期。

3個週期等於三個節點（三角形）從一個模式網絡計算的連接的組 4個週期等於從兩個模式網絡

如果我有類似的網絡計算的四個節點（正方形）連接的組這樣的：

onemode <- read.table(text= "start end 
           1 2 
           1 3 
           4 5 
           4 6 
           5 6",header=TRUE) 

twomode <- read.table(text= "typa typev 
           aa a 
           bb b 
           bb a 
           aa b",header=TRUE) 

我想

library(igraph) 
g <- graph.data.frame(twomode) 
E(g) 
graph.motifs(g, size = 4) 

會數清我雙模網絡廣場的數量，但我不明白輸出。我認爲其結果將是1

Answer 1

?graph.motifs

graph.motifs搜索對於給定尺寸的圖案的曲線圖，並返回包含不同的基序的數目的數字 矢量。這些圖案的順序是由它們的同構類定義的，參見graph.isoclass。

所以這個輸出是數值向量，其中每個值都是圖中某個圖案（大小爲4或3）的計數。

graph.motifs(g,size=4) 

爲了得到圖案的總數量，你可以使用graph.motifs.no

graph.motifs.no(g,size=4) 
[1] 1 

哪個是主題20

which(graph.motifs(g,size=4) >0) 
[1] 20 

Answer 2

，可能是更容易使用另一個函數的數量對於這個taks是kcycle.census {sna}。詳細信息：http://svitsrv25.epfl.ch/R-doc/library/sna/html/path.census.html