2017-09-06 67 views
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我創建使用ggcorrplot與下面的代碼corrplotggcorrplot:微不足道值

library(ggcorrplot) 

corCN <- subset(csfBL, BL_Diaggroups==1, 
       select=c("log_ab38", "log_ab40", "log_ab42", "ABratio", "log_YKL", "logNgcomplete", "log_NFL")) 

colnames(corCN) <- c("Aß 1-38","Aß 1-40", "Aß 1-42", "Aß 42/40", "YKL-40", "Ng", "NFL") 

corrCN <- cor(corCN, method=c("spearman"), use="complete.obs") 
p.matCN <- cor_pmat(corCN, method=c("spearman"), use="complete.obs") 

CNcorrplot <- ggcorrplot(corrCN, type="lower", lab=TRUE, ggtheme = ggplot2::theme_classic, 
          p.mat=p.matCN, insig ="blank") 

CNcorrplot2 <- CNcorrplot + ggtitle("CN") + theme(plot.title = element_text(hjust = 0.5)) 

和劇情是這樣的。

Corrplot

我想改變的唯一事情是微不足道的值具有「NS」在其中或完全空白(所以沒有0顯示)。其實我需要某種形式的代碼說:

if insig=TRUE, lab=FALSE 

回答

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我創建的ggcorrplot稱爲myggcorrplot修改後的版本與新lab.notsig選項(標籤不顯著相關性)。
下載文件here並將其保存在myggcorrplot.r的工作目錄中。
然後,運行下面的代碼:

library(ggcorrplot) 
library(mvtnorm) 
# A toy dataset 
set.seed(1) 
n <- 100 
p <- 7 
A <- matrix(runif(p^2)*2-1, ncol=p) 
Sigma <- cov2cor(t(A) %*% A) 
corCN <- data.frame(rmvnorm(n, mean=rep(0,p), sigma=Sigma)) 
colnames(corCN) <- c("Aß 1-38","Aß 1-40", "Aß 1-42", "Aß 42/40", "YKL-40", "Ng", "NFL") 

corrCN <- cor(corCN, method=c("spearman"), use="complete.obs") 
p.matCN <- cor_pmat(corCN, method=c("spearman"), use="complete.obs") 

# Load the myggcorrplot function 
source("myggcorrplot.r") 
# Set in the lab.notsig option the label for not significant correlations 
CNcorrplot <- myggcorrplot(corrCN, type="lower", lab=TRUE, 
       ggtheme = ggplot2::theme_classic, 
       p.mat=p.matCN, insig ="blank", lab.notsig="NS") 

CNcorrplot2 <- CNcorrplot + ggtitle("CN") + 
        theme(plot.title = element_text(hjust = 0.5)) 
CNcorrplot2 

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+1

WOW!你太棒了 :) –

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