5年生存率卡方檢驗

Question

我對有兩個亞組的人羣使用生存包。我需要每組5年的KM存活率。我得到這個值：

summary(survfit(Surv(survtime, vital)~subgroup)), time = 60) #in months 

但是，我也想對兩個五年的生存率進行chisq測試。有沒有簡單的方法來運行這個測試使用生存包？

感謝您的任何建議和幫助！

Answer 1

不確定這是否是正確的方式（買方要小心），但這裏是一個使用survival包使用aml數據集作爲示例數據的示例。

library(survival) 
amlsurv <- with(aml,survfit(Surv(time,status) ~ x)) 
summary(amlsurv ,time=20) 

導致，爲time=20：

Call: survfit(formula = Surv(time, status) ~ x) 

       x=Maintained 
     time  n.risk  n.event 
     20.000  7.000  3.000 ... 

       x=Nonmaintained 
     time  n.risk  n.event 
     20.000  6.000  5.000 ... 

這兩個選項使用survdiff功能失效：

survdiff(summary(aml,time=20)) 
survdiff(aml,time=20) 

現在嘗試限制手動20天：

aml$status.20 <- aml$status 
# set 'deaths' with a time greater than 20 to be 'survivors' 
aml$status.20[aml$status == 1 & aml$time > 20] <- 0 
amlsurv <- (Surv(aml$time,aml$status.20) ~ aml$x) 
summary(survfit(amlsurv)) 
# results are the same as above, Maintained=3 events,Nonmaintained=5 events 

現在你可以讓你的結果20天的限制比較兩組：

survdiff(amlsurv) 
Call: 
survdiff(formula = amlsurv) 

        N Observed Expected (O-E)^2/E (O-E)^2/V 
aml$x=Maintained 11  3  4.3  0.392  0.874 
aml$x=Nonmaintained 12  5  3.7  0.455  0.874 

Chisq= 0.9 on 1 degrees of freedom, p= 0.35 

Answer 2

您可以輕鬆地使用survdiff()：

s.fit <- survfit(Surv(survtime, vital)~subgroup) 
survdiff(s.fit)