爲什麼python用漢字寫出來？

這是我的第一個關於Stack Overflow的問題，所以如果我的問題格式不正確，我想首先道歉。我對編碼沒有特別的經驗，但我正在努力解決與我的工作有關的特定問題。爲什麼python用漢字寫出來？

我想替換一個大的fasta文件（用於比對DNA序列）的標題。我有一個包含FASTA對準txt文件（alignment.txt），其具有這樣的內容：

>418035201_b1_168_m12_gag__Assembly_8 
ATGGGTGCGAGAGCGTCAGTATTAAGTGGGGGAAA...... 

>418035201_b1_168_m12_gag__Assembly_19 
ATGGGTGCGAGAGCGTCAGTATTAAGTGGGGGAAA......

我也有將含有所需名稱（newheaders.txt），其具有內容這樣的文本文件：

>418035201_pM_s38_B168_m12_gag_c08_M13F_X00_consensus 
>418035201_pM_s38_B168_m12_gag_c19_M13F_X00_consensus 
....

我試圖取代頭與在newheaders.txt文件中的新頭的alignment.txt文件（行開始「>」）。

我有以下內容的python腳本：

#!/usr/bin/env python 


fasta= open('alignment.txt','r') 
newnames= open('newheaders.txt','r') 
newfasta= open('newfasta.txt', 'w') 

for line in fasta: 
    if line.startswith('>'): 
     newname= newnames.readline() 
     newfasta.write(newname) 
    else: 
     newfasta.write(line) 
     print line 

fasta.close() 
newnames.close() 
newfasta.close()

當我運行它，我得到以下的輸出：

>418035201_pM_s38_B168_m12_gag_c08_M13F_X00_consensus 
䄊䝔䝇䝔䝃䝁䝁䝃䍔䝁䅔呔䅁呇䝇䝇䅇䅁呁䅔䅇䝔䅃䝔䝇䅁䅁䅁呔.... 

>418035201_pM_s38_B168_m12_gag_c19_M13F_X00_consensus 
䄊䝔䝇䝔䝃䝁䝁䝃䍔䝁䅔呔䅁呇䝇䝇䅇䅁呁䅔䅇䝔䅃䝔䝇䝁䅁䅁呔....

「線」正在從羅馬字符改爲中國字符。它不應該是中文字符，我不能爲我的生活工作，爲什麼發生這種情況！

將'行'打印到控制檯時，它會正確打印。即

所以我相信它一定是寫出來的。

如果有人能夠幫助我或提供一些見解，我將不勝感激，謝謝。

[編輯：現在解決了。見下文。謝謝大家！]

來源

2017-03-15 Sophie

我的猜測是，也許你是解釋文件爲UTF-16，使兩對字節是解釋爲單個字符。 –

代碼在我的系統上運行，直接通過'python2 test.py'直接運行，沒有任何IDE或任何東西。你在使用什麼操作系統？ Tobias_k說的有道理，我不明白爲什麼會發生這種情況，除非系統運行UTF-16（'/ etc/locale.conf'和'locale-gen'來生成UTF-16）的默認localeconf。如果您正在運行Linux，請在控制檯中向我們提供'locale -a'的輸出。 – Torxed

我在MacOS Sierra 10.12上運行它。我意識到它正在運行python 2.7，所以我剛剛安裝了python3。但是現在，我收到以下錯誤，當我嘗試運行它：「語法錯誤：無效的語法 >>> /Users/Sophie/Desktop/AttemptToRename/replacenames.py 文件」」，1號線 /用戶/蘇菲/桌面/ AttemptToRename/replacenames.py ^ 語法錯誤：無效的語法 >>> 「 – Sophie

Python似乎支持open（）函數中的「encoding」參數來覆蓋默認的編碼格式。只要你知道你的輸入和輸出文件的正確的編碼是，你應該能夠通過添加類似如下（與你的情況正確的參數代替實際的編碼）進行更正：

newnames= open('newheaders.txt','r', encoding='ascii') 
newfasta= open('newfasta.txt', 'w', encoding='utf_8')

PS ：看起來像這個問題是由於Python 3默認使用Unicode來處理文本文件I/O，這是Python 2.x的改變。

來源

2017-03-15 11:05:07 Pat

我意識到我使用Python 2.7，以便安裝Python 3中，但我現在收到的SyntaxError當我嘗試運行腳本：「SyntaxError：invalid syntax >>> /Users/Sophie/Desktop/AttemptToRename/replacenames.py File」「，line 1 /Users/Sophie/Desktop/AttemptToRename/replacenames.py ^ 語法錯誤：無效的語法 >>> 「我現在不能工作了在1號線是什麼無效？ – Sophie

謝謝大家的幫助。它現在已經解決了（本質上我是一個白癡）...

我如何固定它：

安裝python3
重新保存兩個.txt文件爲Unicode UTF-8的Unix（ LF）換行符。
在腳本開始處將「＃！/ usr/bin/env python」更改爲「＃！/ usr/bin/env python3」。
從命令行運行python3 /Users/Sophie/Desktop/AttemptToRename/replacenames.py。

它的工作！

我不確定是否所有這些步驟或只有其中一些步驟是必要的，但現在按計劃運行。再次感謝你的幫助。現在就通過並投票！ [編輯：顯然我的票不顯示，因爲我有一個低信譽...：/]

來源

2017-03-15 11:42:06 Sophie

爲什麼python用漢字寫出來？

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