如何在一個PBS作業提交中運行多個命令

Question

我已經編寫了一個只需要1-4個cpu的代碼。但是當我在集羣上提交作業時，我必須至少採用一個節點，每個作業有16個核心。所以我想在每次提交的任務中對每個節點運行幾次模擬。 我想知道是否有辦法在一份工作中並行提交模擬。

下面是一個示例： 我的代碼需要4次處理。我爲一個節點提交作業，並且我希望節點運行我的代碼的4個實例（每個實例具有不同的參數）以獲取所有16個核心。

Answer 1

是的，當然;通常這樣的系統將有如何做到這一點的說明，like these。

如果你有（比如說）4x4-cpu作業，你知道每個作業都會花費相同的時間，並且（比方說）你希望它們在4個不同的目錄下運行（這樣輸出文件更容易跟蹤的），使用shell符號在後臺運行它們各自然後等待所有後臺任務完成：

(cd jobdir1; myexecutable argument1 argument2) & 
(cd jobdir2; myexecutable argument1 argument2) & 
(cd jobdir3; myexecutable argument1 argument2) & 
(cd jobdir4; myexecutable argument1 argument2) & 
wait 

（其中myexecutable argument1 argument2僅僅是無論你平時運行程序的佔位符;如果使用mpiexec或類似的東西，就像你通常使用它一樣，如果你使用的是OpenMP，你可以在上面的第一行之前導出環境變量OMP_NUM_THREADS。

如果您有許多任務不會全部花費相同的時間長度，那麼最好比上面的（比如說）4個任務分配得更好，並讓像gnu parallel這樣的工具根據需要啓動工作，例如描述在this answer中。