如何使用R中的附加信息創建鄰接列表中的igraph對象？

我在形式如何使用R中的附加信息創建鄰接列表中的igraph對象？

df <- data.frame(name= c("Sue", "Rob", "Jacob", "Terry"), 
       f1 = c("Rob", "Sue", "Rob", "Jacob"), 
       f2 = c(NA, "Terry", "Terry", NA), 
       f3 = c(NA, "Jacob", NA, NA), 
       bf1 = c(1,1,1,0), 
       bf2 = c(NA, 1, 0, NA), 
       bf3 = c(NA, 0, NA, NA))

其中的變量f1到f3指朋友蘇，羅布，雅各布和特里有相當廣泛的網絡數據。變量bf1到bf3指的是他們是否認爲他們是最好的朋友。

我現在想根據這個數據框創建一個R igraph的圖形項目，幷包含所有信息。到目前爲止，我有：

adj_list <- subset(df, select = c(name, f1:f3)) 
m <- as.matrix(adj_list) 
el1 <- cbind(m[, 1], c(m[, -1])) 
el1 <- el1[complete.cases(el1),] 
el1[2,] <- as.numeric(factor(c(el1[1,]))) 
g1 <- graph_from_edgelist(el1)

但我不知道如何獲取輔助信息到圖形對象。有任何想法嗎？

來源

2017-08-30 myname

嘗試數據重塑長：'DAT < - 重塑（DF，不同=列表（2：4,5：7），方向= 「長」，idvar = 「名稱」）'。將它整理成ldat < - ldat [！is.na（ldat $ f1），-2]'，然後讀入圖的g <-graph> :: graph_from_data_frame（ldat）'：bf作爲邊緣屬性讀入。 – user20650

我假設你是指'bf1'到'bf3'作爲輔助信息，對吧？ PS：邊權重可以通過'E（g1）$ weight'訪問。 –

一種方法是將數據重塑爲長格式。

# Get indices of columns to group together 
friendsIndices <- with(dat, grep("^f", names(dat))) # strings beginning with 'f` 
bffIndices <- with(dat, grep("^bf", names(dat))) # strings beginning with 'bf`

整形

ldat <- reshape(dat, 
       varying=list(friendsIndices, bffIndices), 
       direction="long", idvar="name") 

# Tidy up long data - 
    # remove time column 
    # remove rows with `NA` 
ldat <- ldat[!is.na(ldat$f1), -match("time", names(ldat))] 
ldat 
#   name f1 bf1 
# Sue.1  Sue Rob 1 
# Rob.1  Rob Sue 1 
# Jacob.1 Jacob Rob 1 
# Terry.1 Terry Jacob 0 
# Rob.2  Rob Terry 1 
# Jacob.2 Jacob Terry 0 
# Rob.3  Rob Jacob 0

數據現在能到igraph

library(igraph) 
g <- graph_from_data_frame(ldat)

的bf屬性被存儲爲在邊緣被讀取屬性E(g)$bf1。然後，您可以根據此屬性繪製邊緣顏色或權重。

plot(g, 
    edge.width=2*(E(g)$bf1+1), 
    edge.color=c("red", "blue")[E(g)$bf1+1], 
    edge.curved=TRUE)

來源

2017-08-30 14:38:37 user20650

謝謝，我沒有想過重塑！ – myname

如何使用R中的附加信息創建鄰接列表中的igraph對象？

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