如何爲R中圖像的閾值強度值？

Question

我已經在R中編寫了一個函數，它讀取一個文本文件並使用該文件中每個協調元的座標信息和強度值生成一個顏色映射。

現在，我想對強度應用一個特定的閾值，使得低於特定閾值的強度值被抑制（或呈黑色），並且閾值以上的強度以所定義的顏色方案表示。我基本上想要高強度的圖像高亮區域。

在這種情況下，我也有另一個問題：我可以定義一個百分比而不是具體的閾值：因爲對於每個圖像，我都有不同的強度值，因此必須應用不同的閾值。

我附上了我正在使用的圖像。

這裏是數據的有三列（x座標，y座標，強度值）

0 0 4.169080e+000 
1 0 6.391669e+000 
2 0 6.391669e+000 
. 
. 
. 
511 0 9.922547e+000 
0 1 5.268026e+000 
1 1 5.268026e+000 
. 
. 
. 
511 511 9.922547e+000 

而且，爲了生成的情節，我從文件中讀取的所有數據，並將其傳遞給函數的樣品它會生成色彩圖（spplot）。下面是函數：

generatePlot <- function (data, plotName) { 
    rv <- raster(nrows=data$xPixels, ncols=data$xPixels) 
    rv1 <- raster(matrix(data$rawData$V3, nrow = data$xPixels, byrow = T), xmn=0, ymn=0,  xmx=1, ymx=1) 
plotData <- spplot(rv1, scales = list(draw = TRUE), col.regions=rainbow(100, start = 1/6, end = 1), main=plotName) 

這裏是原始圖像：

這裏是閾值的圖像：

Answer 1

關鍵是NA分配到低於閾值的所有值：

library(sp) 
library(raster) 

# create data 
x = 1:511 
y = 1:511 
z = runif(n=511*511, min=0, max=10) 

# turn into matrix 
m = matrix(z, nrow=length(x), ncol=length(y)) 

# your function 
generatePlot <- function (data, plotName) { 

    # which values are below 0.5*max? 
    below = which(data<0.5*max(data,na.rm=T)) 

    # change these values to NA 
    data[below] <- NA 

    # make a raster of the matrix 
    rv1 <- raster(data) 

    # create the plot 
    plotData <- spplot(rv1, scales = list(draw = TRUE), col.regions=rainbow(100, start = 1/6, end = 1), main=plotName) 

    return(plotData) 
} 

plotData = generatePlot(m,'nice plot') 
print(plotData)