如何用FactoMineR創建雙標圖？

問題很簡單。我想雙擊PCA（mydata）的結果，這是我用FactoMineR做的。因爲它似乎我只能顯示醚變量或個人提供內置的ploting設備：如何用FactoMineR創建雙標圖？

plot.PCA(pca1, choix="ind/var").

我知道它可以與princomp（）的結果很容易做到，但我真的很喜歡FactoMineR如何處理不適用，在許多方面對我來說似乎更容易。

有沒有辦法？我看到ggplot2以某種方式完成，但只是與princomp（）的結果，我不知道如何更改代碼，以便它與PCA（）一起使用。

我還看到一個解決方案，用ggplot2（Look at the bottom）分別完成單獨和變量繪圖，但是如何組合這些？

也許解決方案在第一個鏈接中，但是我真的不明白：/。

我希望我讓自己清楚！

問候

盧卡斯

來源

2014-03-13 Lukas

此問題以前曾被問及回答[here]（http://stackoverflow.com/q/10252639/1036500）和[這裏]（http://stackoverflow.com/q/6578355/1036500）。 – Ben

有趣的是，您是如何發佈我在問題中發佈的相同鏈接的。我也發現了這些帖子，但第一個沒有生成雙標圖，而是一個變量和個人情節，這可以使用factominer輕鬆完成，而不是問題。正如問題中所述，第二個鏈接也僅提供了princomp輸出的解決方案。所以不，它沒有被回答。 – Lukas

嗨，你能適應你的第一個link爲PCA的代碼FactoMineR這樣的對象：

PCbiplot2 <- function(res.pca, x="Dim.1", y="Dim.2") { 
    if(!require(ggplot2)) install.packages("ggplot2") 
    # res.pca being a PCA object 
    data <- data.frame(obsnames=row.names(res.pca$ind$coord), res.pca$ind$coord) 
    plot <- ggplot(data, aes_string(x=x, y=y)) + geom_text(alpha=.4, size=3,  aes(label=obsnames)) 
    plot <- plot + geom_hline(aes(0), size=.2) + geom_vline(aes(0), size=.2) 
    datapc <- data.frame(varnames=rownames(res.pca$var$coord), res.pca$var$coord) 
    mult <- min(
    (max(data[,y]) - min(data[,y])/(max(datapc[,y])-min(datapc[,y]))), 
    (max(data[,x]) - min(data[,x])/(max(datapc[,x])-min(datapc[,x]))) 
) 
    datapc <- transform(datapc, 
         v1 = .7 * mult * (get(x)), 
         v2 = .7 * mult * (get(y)) 
) 
    plot <- plot + coord_equal() + geom_text(data=datapc, aes(x=v1, y=v2,  label=varnames), size = 5, vjust=1, color="red") 
    plot <- plot + geom_segment(data=datapc, aes(x=0, y=0, xend=v1, yend=v2),  arrow=arrow(length=unit(0.2,"cm")), alpha=0.75, color="red") 
    plot 
} 

library(FactoMineR) 
fit2 <- PCA(USArrests, graph=F) 
PCbiplot2(fit2)

告訴我，如果它的工作原理！

編輯：添加庫，例如jlhoward表明

來源

2014-03-13 15:13:53 Victorp

+1如果您更改代碼以加載必要的庫。 – jlhoward

謝謝！我試過了，出現如下錯誤：「找不到函數」arrow「，這個東西可以在包列表中找到嗎？ – Lukas

'arrow'在'grid'包中，但是它被從CRAN中移除... – Victorp

您還可以使用ggord做，代碼很容易適應其他協調對象如果添加額外的S3方法對他們來說：

install.packages("devtools") 
library(devtools) 
install_github("fawda123/ggord") 
library(ggord) 
library(FactoMineR) 
ord <- PCA(iris[, 1:4], graph = FALSE) 
ggord(ord, iris$Species)

（不同類型的縮放是可能的，例如，行主體（形式雙標圖），列主體（協方差雙標圖），對稱雙標圖等，目前不支持goo RD。雖然編輯ggord.PCA S3方法或支持此方法的goord.default方法很容易。）

來源

2015-08-13 16:38:48

如何用FactoMineR創建雙標圖？

回答

相關問題