2013-06-04 20 views
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我有一些簡單的數據,我需要在矩陣格式下游計算。我的數據如下:如何讀取R中製表符分隔的數據並立即從數據中創建矩陣?

my sample pic

...我想要做這樣的事情在數據讀取和標籤尺寸:

d <- read.delim("test_data.txt",header=TRUE,stringsAsFactors=FALSE) 
d <- as.matrix(???) 
rownames(d) <- (???) 
colnames(d) <- (???) 

每次我試圖填補我'???'我得到不同的錯誤或不尋常的結果。這個方法我試過,以及:

myMatrix = as.matrix(d) 
heatmap(d) 

...但得到的錯誤:在熱圖(myMatrix的)錯誤:「X」必須是數字矩陣

能有人幫我解決這個問題?

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你可能想'as.matrix',而不是'matrix'。 –

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我不知道爲什麼downvote,我問了一個非常具體的問題,用圖形和代碼作爲支持。我在網上搜索了很長時間並在R中嘗試了各種替代方法後才問道。任何幫助都非常感謝! – jake9115

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感謝您的建議,我嘗試了您的建議,並將我的錯誤消息合併到了我原來的問題中...... – jake9115

回答

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讓我們做一個重複的例子:

tab <- read.delim(text="Sample1,Sample2,Sample3 
ID_A,4,1,6 
ID_B,8,4,4 
ID_C,7,5,7 
ID_D,9,5,2 
ID_E,0,0,3 
", sep=",", row.names=1,header=TRUE) 

現在你可以使用as.matrix

mat <- as.matrix(tab) 

然後:

heatmap(mat, margins=c(10,10)) 

爲您提供:

enter image description here

這是你在找什麼?

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感謝您的簡潔回答! – jake9115

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